输尿管痉挛需要进行长期持续治疗，明确诊断后可用阿托品与哌替啶肌注。针对病因进行治疗，药物治疗包括溶石疗法、排石疗法。根据结石的大小选择冲击波碎石、输尿管镜取石或经皮肾镜碎石、输尿管切开取石术等手术方式进行治疗。如果因为前列腺肿大或肿瘤导致的压迫，一般手术治疗。
一、一般治疗
控制肾绞痛，在明确诊断后可用阿托品与哌替啶肌注，痛区亦可热敷或行针刺，腰部敏感区可行皮下1％利多卡因封闭。
二、药物治疗
可以先用解痉止痛药物控制疼痛，然后通过治疗输尿管痉挛的潜在病因来治疗，如肾及输尿管结石采取碎石治疗。抗生素控制感染，抗雄激素或5-α还原酶抑制剂治疗前列腺增生。
1、解痉止痛药物：1、地佐辛：通过注射地佐辛减轻疼痛，缓解痉挛。
2、吗啡：通过注射吗啡暂时减轻疼痛，解除痉挛，但吗啡有成瘾性，一般只有强烈疼痛感才应用吗啡。
2、溶石疗法：1、碳酸酐酶抑制剂乙酰唑胺：碳酸酐酶抑制剂乙酰唑胺适用于单纯尿酸结石，睡前服用，维持夜间尿液碱化。限制高嘌呤饮食，尿pH保持在6.5～7.0，同时每天大量饮水3000ml以上。
2、别嘌醇：别嘌醇适用于单纯尿酸结石，饮食不能控制高血尿酸时，服用半年左右可使尿酸结石溶解，本药的优点为无不良反应。
3、排石疗法：1、坦索罗辛：坦索罗辛适用于直径＜0.6cm、表面光滑、结石以下无明显梗阻的结石。能使输尿管下段平滑肌松弛，促进输尿管结石排出，特别是对于输尿管下段结石效果更明显。
4、抗生素解除感染引起的输尿管痉挛：1、甲氧苄啶、氟喹诺酮类：抗生素疗程结束后，尿沉渣镜检与细菌学检查阴性，在停止抗菌药后2周、4周和6周追踪复查尿细菌学检查仍为阴性。在治疗后仍持续有菌尿，说明治疗失败需要更换抗生素。
5、抗雄激素解除前列腺增生引起的输尿管痉挛：1、雌激素：己烯雌酚：初期治疗效果显著，可较快速地消退前列腺组织的水肿，解除尿道阻力，恢复排尿通畅。但有较明显的不良反应，主要有男性乳房发育、性功能障碍、血脂异常等，长期服用后冠心病的发病率增加，因此仅可短期应用。
2、新型雄激素拮抗剂：氟他胺：抗雄激素作用更强，服用3个月以上，能明显缩小前列腺体积。但药物价格昂贵，有消化道反应及肝功能损害等不良反应，不宜广泛使用。
6、5-α还原酶抑制剂：1、非那雄胺：能缩小前列腺体积、改善患者的症状评分、提高尿流率，并使前列腺增生症患者发生急性尿潴留和手术干预的风险降低50％。最常见的副作用包括勃起功能障碍、射精异常、性欲低下及其他表现，如男性乳房女性化、乳腺痛等。
三、手术治疗
一般是通过治疗原发病，从而治疗输尿管痉挛。如结石、肿瘤、前列腺增生导致的输尿管痉挛，可根据结石的大小来选择SWL(冲击波碎石)，URS(输尿管镜取石)或PCNL(经皮肾镜碎石)，输尿管切开取石术。输尿管肿瘤，前列腺增生也可手术治疗。
1、冲击波碎石：冲击波碎石适应症是直径为5～20mm的肾结石，绝对禁忌症是妊娠妇女。相对禁忌症是结石远端尿路狭窄、凝血功能障碍、少尿性器质性肾衰、急性尿路感染、严重心律失常和结石体积过大。
2、输尿管镜取石或经皮肾镜碎石：输尿管镜取石或经皮肾镜碎石是中段和下段输尿管结石治疗的第一线选择。上段输尿管结石经冲击波碎石治疗无效时，可改用输尿管镜取石治疗。禁忌症包括不能控制的全身出血性疾病，严重的心肺功能不全，无法耐受手术。未控制的泌尿道感染，严重尿道狭窄，腔内手术无法解决，严重髋关节畸形，截石位困难。
3、输尿管切开取石术：输尿管切开取石术包括开放式手术或经腹腔镜取石，只适用于冲击波碎石和输尿管镜治疗失败。结石合并远端输尿管梗阻(狭窄、瓣膜和息肉等)，手术前须拍尿路X线片定位。
4、输尿管根治术：输尿管肿瘤诊断一旦明确应尽早开始治疗。根治性肾输尿管全长切除加膀胱袖状切除是针对所有位置输尿管肿瘤治疗的金标准。手术范围包括患侧肾、输尿管、输尿管膀胱开口周围部分组织。
5、经尿道手术：近年来，随着前列腺剜除技术的成熟，即使大体积前列腺，也较少采用开放手术。所以一般前列腺增生的手术都是经尿道手术。
1、经尿道前列腺电切术：主要适用于治疗前列腺体积在80ml以下的前列腺增生症患者，技术熟练的术者可适当放宽对前列腺体积的限制。手术过程可能会出现经尿道电切综合征“因冲洗液吸收过多导致的血容量扩张及稀释性低钠血症”，会并发脑水肿危及生命。
2、经尿道前列腺切开术：适用于前列腺体积小于30g，且无中叶增生的患者。并发症更少，出血及输血危险性降低，逆行射精发生率低、住院时间缩短，但远期复发率经尿道前列腺电切术较髙。