女性性功能障碍的治疗需要根据病因选择合适的方式，目前主要通过心理、行为、药物、原发病等多种方式综合治疗。多数患者需长期持续性治疗。
一、一般治疗
包括提供有关性的基本知识和技巧，鼓励阅读介绍性知识书籍；建议性生活时双方相互沟通，商量改变性交姿势、性生活时间及地点；尝试性幻想、使用背景音乐、影像资料。
二、原发病治疗
许多女性性功能障碍由各种器质性疾病引起，只有通过手术或药物积极治疗原发病才能消除性功能障碍。但要注意一些治疗原发病的药物本身，也可能引起性功能障碍，使用时需综合考虑。
三、药物治疗
1、外周作用药物：通过介导血流和松弛血管平滑肌等机制直接作用于局部，促进生殖器充血和阴道湿润。主要药物有磷酸二酯酶-5抑制剂、前列腺素E1激动剂、L-精氨酸等。但临床试验表明，外周作用药物对妇女的作用不及男性，可能与女性的主观性唤起与客观性唤起并不一致有关。其次，由于受性激素水平的影响，这类药物对绝经后妇女的作用不及绝经前妇女。
2、中枢作用药物：鉴于女性的性体验更多依赖于主观性唤起，使用中枢作用药物可能比男性更为合适。主要药物有黑皮质素激动剂、多巴胺激动剂等。
3、性激素：病例对照试验表明，无论绝经与否，雄激素制剂可明显改善性功能障碍妇女的性生活满意度，但长期应用，可能引起男性化等潜在副作用。雌孕激素补充治疗也可通过改善阴道干燥提高性反应。性激素可全身用药，也可局部用药。
4、抗抑郁药：通过增强多巴胺和抑制5-羟色胺、催乳激素等作用，提高性欲，如丁胺苯丙酮、曲唑酮、氟西汀等。
5、多巴胺激动剂：通过增加多巴胺在脑内活性和多巴胺神经兴奋性，提高性欲，如溴隐亭、司来吉兰等。
6、西地那非：作为V型磷酸二酯酶抑制剂。减少第二信使cGMP的降解，增强一氧化氮介导的阴蒂海绵体和阴道平滑肌舒张作用，用于女性性唤起障碍的治疗。
四、手术治疗
若患者有生殖器畸形或结构异常，可通过相关手术进行矫正。
五、心理治疗
多数性功能障碍为功能性，由心理因素造成。即使是器质性性功能障碍，也多伴有心理因素。因此，心理治疗很重要。在全面掌握病情特点和明确性功能障碍类型的基础上综合分析，准确判断患者性心理障碍的类型和程度，结合其个性特征、文化、宗教等背景，制订有针对性的治疗方案。
六、其他治疗
1、性感集中训练：即训练自己的主观性感受。可分三个阶段：第一阶段的重点是指导女方集中精力体验由男方爱抚身体所激发的感觉，但不触及生殖器和乳房；第二阶段的重点是生殖器刺激，但避免性交：第三阶段又称无需求性交阶段，在对生殖器刺激已发生良好反应的基础上，开始性交，重点是无需求(不追求性高潮)和以调整愉悦为定向的性体验。
2、自我刺激训练：指导患者通过手淫或借助震荡器方法获得性高潮。成功的性高潮体验，有助于增强患者性欲和树立自信心。
3、盆底肌肉锻炼：训练患者交替收缩和舒张盆底肌肉，以提高骨盆底肌群的张力和性交时阴道感觉的敏感性。
4、脱敏疗法：针对阴道痉挛(插入障碍)采用的治疗方法，也称阴道扩张法，即利用一系列大小不等的阴道扩张器从小到大逐渐扩张阴道，也可指导患者自己或性伴侣用手指做类似的练习。