含牙囊肿如果早期及时发现，是可以治愈且不易复发的，主要的治疗原则是完整摘除囊肿和牙齿为主。针对病情进一步发展的患者，需要综合的治疗方法，尤其出现并发症的患者还需要考虑恢复面部畸形或者骨折的再次手术。针对伴有全身感染的患者需要医生有全局观，必要时可多科室协同治疗。
一、药物治疗
针对并发感染的囊肿，可口服广谱抗生素，如头孢丙烯、头孢地尼等头孢菌类或者红霉素等大环内酯类药物，同时可以配合使用抗厌氧菌的甲硝唑或者替硝唑，但是替牙期儿童禁用甲硝唑，这与成人治疗方法不同。针对已经出现颌骨骨髓炎或者全身感染的患者，应尽早给予静脉输液方式足量抗炎治疗，同时需要配合以全身营养支持治疗，防止疾病进一步恶化。
二、手术治疗
1、治疗原则为囊肿刮治术，无论上下颌囊肿应尽可能在口内入口进行手术，防止术后面部留下瘢痕。在去除囊壁的同时，还需拔除含于囊内的受累牙。但对于儿童萌出期含牙囊肿，当患牙可能萌出到正常位置时，可保留患牙，让其自然萌出。
2、对于大型含牙囊肿，尤其是评估刮治后发生骨折的风险较大，也可行成形性囊肿切开术。成形性囊肿切开术亦称为袋形缝合术，即从口内打开囊肿，切除部分囊壁及黏膜，并将黏膜与囊膜相互缝合，使囊腔与口腔相通，引流自如。由于没有囊液聚集，消除了压力，囊腔可逐渐自行缩小、变浅，以后可再采用手术的方法将剩余的囊膜摘除，由于死腔不大，封闭也较容易。这一方法的另一优点是仅在口内手术即可，不必从口外做切口，其缺点是疗程较长。在整个疗程中应注意保持口腔卫生，并严密随访。