含牙囊肿的手术可大可小，主要根据囊肿病变的大小决定。含牙囊肿常见于上颌尖牙及下颌阻生智齿，患牙完全埋伏于颌骨内。在牙冠处由于有牙囊的存在，会出现发育性含牙囊肿。如果囊肿较小，在病变的初期，通常不会造成较大的骨质破坏，手术也相对较小，在拔除患牙的过程中同时对囊肿摘除即可。如果病变发现的较晚，囊肿生长较大，甚至造成颌骨的病理性骨折，这时在摘除囊肿与拔除患牙的同时，往往需要同期植骨，这种情况将会是比较大的手术了。