肾脓肿患者的治疗需去除诱因，通常以抗菌药物治疗为主，控制感染，促进脓液吸收，治疗4~6周后，对抗生素治疗无效者，可行B超引导下穿刺引流或手术切开引流。
一、一般治疗
去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，如上呼吸道感染疾病、手术等。有上呼吸道感染疾病者应积极治疗，手术病人应注意术后护理，积极恢复治疗，防止感染。
二、药物治疗
1、磺胺甲噁唑与甲氧苄啶复方制剂：这两种药物对除绿脓杆菌外的革兰阳性及阴性菌有效。
2、氧氟沙星：氧氟沙星抗菌谱广、作用强、毒性少，除不宜用于儿童及孕妇外，临床已广泛应用。
3、头孢噻肟、头孢曲松、头孢孟多：头孢噻肟、头孢曲松、头孢孟多为第三代头孢菌素，对严重革兰阴性杆菌感染作用显着，与氨基糖苷类合用有协同作用。
4、哌拉西林、阿米卡星：哌拉西林、阿米卡星对绿脓杆菌及其他假单孢菌等感染有效。
5、去甲万古霉素：去甲万古霉素适用于耐甲氧西林的葡萄球菌、多重耐药的肠球菌感染，及对青霉素过敏的患者有革兰阳性球菌感染。
6、亚胺培南-西拉司丁钠：亚胺培南-西拉司丁钠抗菌谱广，对革兰阴性杆菌杀菌活性好。
7、碳酸氢钠、枸橼酸钾：碳酸氢钠、枸橼酸钾可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状。
8、维拉帕米：维拉帕米属于钙离子通道拮抗剂，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
三、手术治疗
严重者可行手术治疗，常见的手术治疗方式有B超引导下穿刺引流和腹腔镜切开引流。
1、B超引导下穿刺引流：适用于抗生素治疗无效或直径3~5cm的脓肿，术后仍需积极给予抗感染治疗。B超引导下穿刺引流具有病灶显示准确、微创、患者痛苦小、恢复快、费用低、安全等优点。
2、腹腔镜切开引流：适用于直径5cm以上的脓肿，注意无论是在术前、术中还是术后，都需要全程适用抗生素进行治疗，有望达到治愈效果。