本病患者需长期持续性治疗，治疗主要包括病因治疗和激素替代治疗。垂体功能减退症有诱发危象危及生命的危险，宜随时携带标记有用药种类、用药时间、药物剂量的治疗卡。
一、病因治疗
腺垂体功能减退症可由多种病因引起，应针对病因治疗。肿瘤病人可选择手术、放疗和化疗，对鞍区占位性病变，首先必须解除压迫及破坏作用，减轻和缓解颅内高压症状。
二、药物治疗
1、糖皮质激素：补充糖皮质激素最为重要，且应先于甲状腺激素的补充，以免诱发肾上腺危象。如氢化可的松，用药剂量应个体化，如有感染等应激时，应加大剂量。在皮质激素替代治疗过程中，需要定期监测患者的体重指数、腰围、血压、血糖、血电解质及血脂水平。疗效的判定主要根据临床表现评估，测定血浆ACTH、皮质醇和尿游离皮质醇对疗效评估无意义。
2、甲状腺激素：补充甲状腺激素须从小剂量开始，以免加重肾上腺皮质负担，诱发危象，可用甲状腺片，对年老、心脏功能欠佳者，如立即应用大量甲状腺激素，可诱发心绞痛。对同时有肾上腺皮质功能减退者应用甲状腺激素宜慎重，最好先补充糖皮质激素，再补充甲状腺激素，剂量的调整通过监测血清FT3、FT4水平来进行，使FT4水平保持正常值范围的上半部分。TSH水平对继发性甲状腺功能减退判断替代治疗剂量是否合适没有帮助。
3、性激素：育龄期妇女，病情较轻者需采用人工月经周期治疗，可用己烯雌酚或炔雌醇，每天同时加用甲羟孕酮或加黄体酮肌注。在停用黄体酮后，可出现撤退性子宫出血，周期使用可维持第二性征和性功能，必要时可用人绝经期促性素(HMG)或绒毛膜促性素(HCG)以促进生育。如下丘脑疾病引起者还可用LHRH(以输液泵作脉冲式给药)和氯米芬，以促进排卵。男性患者可用丙酸睾酮肌内注射，或用庚酸睾酮肌内注射，可改善性欲、促进第二性征发育、增强体力，亦可联合应用HMG和HCG以促进生育。
4、生长激素：目前已比较肯定基因重组人生长激素替代治疗后，可显著改善成人生长激素缺乏症患者各种非特异性的临床症状及减少相关并发症的发生，尤其是提高患者生活质量、显著改善骨密度及降低心血管疾病危险因素，使用禁忌症包括恶性肿瘤活跃期、良性颅内压增高、糖尿病视网膜病变增殖期或增殖前期。
三、手术治疗
本病以激素替代治疗和病因治疗为主，一般无手术治疗。