腺垂体功能减退症的常见原因有垂体、下丘脑病变、孕妇产后大出血导致腺垂体坏死及萎缩、蝶鞍区手术、创伤或放射性损伤、感染与炎症、糖皮质激素长期治疗等，本病好发于患有颅内肿瘤者、颅内感染者、产后大出血的妇女。
1、肿瘤：垂体肿瘤是造成该症最常见的原因，约占该病的50%。体积较大的腺瘤压迫周围正常垂体组织，垂体前叶分泌激素的细胞遭到破坏，发生功能失调，破坏可殃及部分或全部垂体激素。若肿瘤向上生长，下丘脑因受压迫或损伤可造成继发性功能减退，此时，下丘脑的调节激素不足或缺失，干扰了垂体前叶激素的正常分泌。此外，若压迫到垂体柄，也可造成腺垂体功能减退。虽然尸检和磁共振检查表明，垂体腺瘤的患病率高达10%～20%，但是表现出临床症状者极为罕见。下丘脑及其邻近区域的肿瘤如颅咽管瘤等，可压迫下丘脑，引起腺垂体激素释放激素分泌减少，导致腺垂体功能减退。
2、腺套体缺血坏死：缺血性损伤很早即被认为是腺垂体功能减退症的原因之一。最典型的例子即为Shechan综合征。怀孕期间，由于泌乳素细胞增生和肥大，使得垂体体积增加，当血容量减少时，向垂体供血的血管收缩，继而发生痉挛，导致垂体坏死，坏死的程度取决于出血的多少。30%经历过产后出血的女性会患上不同程度的垂体功能减退，这些患者还可能患有肾上腺功能不足、甲状腺功能减退、闭经、尿崩症和哺乳障碍(缺少乳汁)。
3、外伤：严重头颅外伤可导致垂体前叶功能不足和尿崩症，有闭合性头部外伤史者应给予重视。脑外伤患者在损伤后3个月乃至12个月内会伴有一定程度的垂体功能减退，几乎所有由此造成的垂体功能不足患者都曾在创伤后出现过意识丧失，且大约半数患者伴随颅骨骨折。
4、其他原因：包括自身免疫性疾病、浸润性疾病、放射治疗损伤、感染等。此外，生理或心理状态会扰乱调节激素的合成和分泌，从而影响下丘脑-垂体-肾上腺轴。