脑膜炎球菌性脑膜炎疾病需要尽早实行抗感染治疗，同时对症处理。重症病例还需积极防治并发症，并进行有效的器官功能支持。选用抗菌药物，加强支持治疗，预防并发症。
一、一般治疗
1、一旦诊断成立，患者应立即作呼吸道隔离，以避免感染播散。
2、神志不清者应加强护理，如保护角膜以防溃疡形成，保持皮肤清洁及经常改换体位及拍背，以防止褥疮和呼吸道感染。呕吐时防止吸入；惊厥时防止舌咬伤；呼吸困难时给氧。
3、头痛可酌用可待因、阿司匹林，或用高渗葡萄糖注射液静脉注射。高热时可用乙醇擦浴或小剂量安乃近肌内注射。惊厥时可用副醛肌内注射或用10%水合氯醛灌肠。
4、对中毒性休克忠者，除积极的抗感染外，补充血容量，纠正酸中毒，维持血压，保护心肌功能。并有弥散性血管内凝血的病例应在肝素化后应用肾上腺皮质激素。对有脑水肿颅内压增高者，应用脱水剂，防止脑疝。
二、药物治疗
1、青霉素：青霉素在脑脊液中的浓度一般为血浓度的10%～30%，注射普通剂量不能使脑脊液内含量达到有效杀菌浓度，但注射大剂量能使脑脊液内药物达到有效浓度，治疗效果满意。如诊断确定，首选青霉素，对青霉素耐药者可选用头孢噻肟或头孢曲松，可与氨苄西林或氯霉素连用，对青霉素或β-内酰胺类抗生素过敏者可选用氯霉素。
2、氯霉素：氯霉素较易透过血脑屏障到达脑脊液中，且脑膜炎球菌对之亦很敏感，因此当患者对青霉素过敏时，可改用氯霉素治疗。
3、头孢菌素类：第三代头孢菌素研究应用较多者为头孢噻肟和头孢曲松，疗效良好。这类药物毒性低，抗菌谱广，对β内酰胺酶稳定，且脑脊液内浓度较高，故对病原诊断尚不明确者可以应用。
4、磺胺药：在耐磺胺率低于10%的地区仍可应用。成人采用磺胺甲恶唑、甲氧苄啶(复方磺胺甲基异恶唑)片或针剂，儿童按磺胺甲恶唑(磺胺甲基异恶唑)口服、肌内或静脉注射。亦可采用磺胺嘧啶加甲氧苄啶治疗。有肝、肾疾病，对磺胺药过敏或有毒性反应者均不宜应用。
5、甘露醇：20%甘露醇静脉推注或快速滴注，直至呼吸恢复正常，瞳孔两侧大小相等，血压恢复正常及其他颅内高压症状好转为止。甘露醇亦可和高渗葡萄糖交替应用，后者为50%溶液。肾上腺皮质激素亦可同时应用，以降低颅内压。
三、其他治疗
出现呼吸衰竭的患者应使用呼吸机来辅助通气。