颅内静脉窦血栓形成的治疗主要包括抗凝治疗、溶栓或取栓治疗和对症治疗。通过药物治疗和手术治疗的方法，治疗周期因病情和治疗方式而定。数月至数年，而复发性颅内静脉窦血栓形成患者则建议终身服药。
一、药物治疗
1、抗凝药物：适用于无严重出血倾向、严重脏器功能障碍或围手术期抗凝治疗禁忌证的患者。早期推荐静脉滴注普通肝素或皮下注射低分子肝素，颅内静脉窦血栓一经确诊即常规经皮下注射治疗。然后同时服用华法林，已知病因且低分子肝素治疗2周临床症状明显好转的患者，华法林口服3个月即可。而对病因不明、血液呈高凝状态且低分子肝素治疗无明显改善的患者，华法林治疗时间需延长至6～12个月，复发性颅内静脉窦血栓形成患者则建议终身服药。
2、静脉溶栓治疗：适合于颅内静脉窦血栓形成并未完全堵塞或血栓较轻者，只有足量的溶栓药物进入颅内静脉窦才能发挥药效。可以选择尿激酶静脉滴注5～7天，测定纤维蛋白原≥1g/L者静脉溶栓治疗安全性良好。或rt-PA经静脉持续泵入6小时以上，总剂量≤50mg。
3、抗生素治疗：感染性颅内静脉窦血栓形成尤其是已出现脑膜炎症状的患者，应根据药敏试验结果采取大剂量、足疗程、高敏性抗生素治疗。
4、降颅压药物：颅内高压患者应用20%甘露醇或联合应用呋塞米(速尿)、白蛋白、激素等安全、快速降低颅内压药物。
5、抗癫痫药物：癫癫患者积极进行抗癫治疗，应用的抗癫痫药物有丙戊酸钠、卡马西平、苯妥英钠、拉莫三嗪、托吡酯等。
二、手术治疗
1、静脉窦接触性溶栓治疗：其原理是充分利用神经介入技术，将溶栓药物经导管准确输送至病变部位。与全身静脉溶栓相比，经股静脉将微导管直接置入颅内静脉窦血栓内，定位更精确、溶栓药物与血栓接触更充分，可使血栓周围药物浓度显著升高。溶栓药物可选择尿激酶静脉滴注，连续治疗3～7天。
2、动脉溶栓治疗：主要是通过动脉系统将溶栓药物输送至血栓部位而发挥溶栓作用，动脉溶栓的优势在于，不仅可以溶解形成时间较短的血栓，还可以降解血液中的纤维蛋白预防继续形成血栓。溶栓药物选择尿激酶10～30分钟缓慢注射，连续5～7天，经股动脉或颈动脉肌注。
3、支架植入术：通过在颅内静脉窦内植入支架，即刻恢复血流，快速实现血管再通的方法。该治疗方法的适应证为病程较长的慢性颅内静脉窦狭窄，尤其适用于单纯规范化药物抗凝治疗6个月以上临床症状仍无明显改善。且颅内静脉窦溶栓效果欠佳且存在局限性狭窄，通常颅内静脉窦远近端压力梯度>15mmHg提示存在局限性狭窄，可考虑施行支架植入术。
4、机械取栓术：系指采用机械性方法直接切割或破碎血栓，再利用取栓装置快速完成静脉重建的手术方法。其主要适应证为病程较长的主干颅内静脉窦血栓、已机化或严重钙化的血栓、有溶栓药物禁忌证或溶栓效果欠佳、颅内出血。
5、开颅手术：目前的开颅手术指通过手术降低颅内高压，以及对于因巨大血肿出现进行性或严重神经功能障碍而行手术以清除血栓，主要针对脑疝等危及患者生命的紧急情况，目的是挽救患者生命。