宫颈上皮内瘤变的治疗选择主要取决于病变级别及范围、年龄和对生育的要求等。治疗的手段主要为破坏性治疗和切除性治疗两种。
一、保守治疗
保守治疗常用方法有电烙、电凝、冷冻、冷凝、激光和中医中药等，各有其优缺点。
1、电凝治疗：主要适用于宫颈上皮内瘤变Ⅰ~Ⅱ级的患者，治疗范围则根据病变的大小而定。其优点是治疗范围广，疗效较好，但电凝过深可引起患者疼痛及术后出血。
2、冷冻治疗：主要适用于宫颈上皮内瘤变 Ⅰ~Ⅱ，且病变局限于宫颈外口的患者。其优点是疗效肯定，操作简单、费用较低。主要缺点是不能保留组织标本，治疗的精确性不高。对凹凸不平的病灶面和探头难以完全接触的病灶，很难采用冷冻治疗。
3、激光治疗：激光治疗包括激光汽化和激光锥切法。前者适用于宫颈上皮内瘤变I和宫颈上皮内瘤变Ⅱ；对于妊娠期宫颈上皮内瘤变、宫颈管搔刮术阳性、阴道镜检查不满意、宫颈上皮内瘤变面积大和宫颈上皮内瘤变Ⅲ的患者，可考虑采用激光锥切治疗。激光治疗常在门诊进行，操作简便、疗效肯定、组织愈合快。但汽化治疗不能保留组织标本，治疗时可能对操作者有不利影响，患者常有明显疼痛，术中及术后出血发生相对较多。
二、药物治疗
1、免疫调节剂，如人重组γ-干扰素、β-干扰素，主要治疗HPV病毒感染导致的宫颈尖锐湿疣、宫颈上皮内瘤变合并人乳头瘤病毒感染等。
2、重组病毒疫苗，对人乳头瘤病毒感染细胞产生特意性细胞毒作用，从而消除人乳头瘤病毒感染和宫颈上皮内瘤变。
3、抗炎药物，通过消除生殖道原虫、霉菌和微生物而治疗与宫颈上皮内瘤变有关的炎症和人乳头瘤病毒感染等。
三、手术治疗
1、宫颈锥切术：随着宫颈上皮内瘤变患者的增多和宫颈癌的年轻化，宫颈锥切的治疗作用越来越显示出其重要性。其指征为宫颈上皮内瘤变Ⅱ、Ⅲ级；宫颈原位鳞癌、宫颈原位腺癌，要求保留生育功能者。切除时应采用冷刀锥切。
2、子宫切除术：传统的观点认为，子宫切除术是治疗宫颈上皮内瘤变Ⅲ和宫颈原位癌最常用而彻底的治疗方法。但近年研究则表明对上述患者行子宫切除存在过度治疗的问题。仅适用于已无生育条件的中老年宫颈上皮内瘤变Ⅲ患者；无生育要求的宫颈上皮内瘤变Ⅲ患者同时合并有子宫肌瘤、子宫脱垂等良性疾病；宫颈原位腺癌；镜下早期浸润癌；已完成生育的宫颈上皮内瘤变Ⅲ患者，宫颈锥切术后标本切缘阳性者。