新型冠状病毒核酸检测是确诊新型冠状病毒的依据之一，因为在《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(第七版)》中指出，确诊病例需要疑似病例同时具备以下病原学或血清学证据之一者，实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸(+)，这是确诊的依据之一。新型冠状病毒核酸检测的原理是所有生物除朊病毒外都含有核酸，核酸包括脱氧核糖核酸，也就是DNA，还有核糖核酸，也就是RNA。新型冠状病毒是一种仅含RNA的病毒，病毒中特异性RNA序列是区分该病毒与其他病原体的标志物。通常检测新型冠状病毒特异性序列的方法，最常见的应用是荧光PCR的方法，因PCR反应模板仅为DNA，因此在进行PCR反应前，应将新型冠状病毒核酸逆转录为DNA。
在PCR反应体系中，包含一对特异性引物以及荧光标记探针，但该探针为一段特异性寡核苷酸阵列，两端分别标记了报告荧光基团和淬灭荧光基团。探针完整时，报告集团发出的荧光信号被淬灭基团吸收。如反应体系存在靶序列，PCR反应时探针与模板结合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性将探针酶降解，报告基团与淬灭基团分离发出荧光，每扩增一条DNA链就有一个荧光分子产生。荧光定量PCR仪能够监测出荧光到达预先设定阈值的循环数与病毒核酸浓度相关，病毒核酸浓度越高，循环数阈值越小。不同生产企业的产品，依据自身产品的性能可以确定本产品的阳性判定值。
