皮肤基底细胞癌患者的治疗原则是早发现、早诊断、早治疗；完全切除皮肤基底细胞癌，最大限度保护其功能和外观；根据患者年龄、皮损大小和部位等进行个体化治疗。理想疗法是手术切除或切除后植皮，不能手术的患者可应用光动力疗法、放射疗法、电烧灼等方法治疗。
一、药物治疗
1、5％氟尿嘧啶软膏和5％咪喹莫特软膏：这是局部治疗基底细胞癌的常用药。研究发现，对标准手术和咪喹莫特治疗方法治疗后5年的临床成功率分别为97％和82.5％。但就美容效果来说，咪喹莫特明显优于手术方法。除此之外，咪喹莫特也可用于对痣样基底细胞癌综合征的治疗，而5％氟尿嘧啶软膏是另一种治疗基底细胞癌的常用药。
2、SMO抑制剂：如维莫德吉，可用于皮肤基底细胞癌的全身用药，适用于不能手术或放疗的局部晚期皮肤基底细胞癌患者和肿瘤已转移的患者。该药通过拮抗SMO受体而抑制Gli的释放，从而进一步抑制其相关转录功能。其能有效阻止Hedgeho信号通路，用于多发性基底细胞癌合并着色性干皮病的患者，维莫德吉也有良好的效果。
二、手术治疗
1、标准手术：即传统手术方法切除，将病灶和切缘进行病理检查，决定是否进行扩大切除。利用显微技术在术中实时观察病灶和切缘，既能完整切除肿瘤组织，又能最大限度地保护正常组织，是切除皮肤恶性肿瘤的首选术式，尤其适用于头面颈部皮肤肿瘤。对小于2cm的基底细胞癌来说，距病灶边缘3~4mm进行手术切除就能够完整清除肿瘤，且术后5年复发率为0.7％~5.0％。
2、莫氏显微外科手术：尽管莫氏显微外科手术的设备要求较高、费用较高及手术时间长等不足，但其术后复发率明显低于标准手术。术后要常规做病理检查，确定肿瘤是否切干净。术后要注意观察伤口愈合情况，有无渗血渗液、结痂留疤、伤口裂开等情况。
3、淋巴结清扫术：如果发现基底细胞皮肤癌邻近部位有淋巴结肿大，则需要进行淋巴结清扫术，切除怀疑有转移的淋巴结。
三、放射治疗
放射治疗的主要目的是彻底清除肿瘤组织，最大限度地保留健康组织。该疗法具体可分为远距放射疗法和近距放射疗法，而选用哪种方法主要与肿瘤大小、侵犯深度和解剖位置有关。皮肤基底细胞癌对放疗很敏感，对于晚期、侵袭性较强、不能耐受手术的患者，可优先考虑放射治疗。位于口唇、眼睑、鼻翼、耳廓等部位的基底细胞癌，手术切除有困难时宜采用放疗，可以用于术前新辅助放疗和术后放疗。
四、其他治疗
1、光动力疗法：氨基乙酰丙酸和甲基酮戊酸盐均属于光敏剂，都可用于对浅表性基底细胞癌患者的治疗，且两者分别在蓝光和红光条件下均可发挥最佳效果。研究表明手术和光动力疗法的治愈率分别为98.％和86.4％，但后者美容效果更胜一筹。光动力疗法联合激光治疗不仅能取得良好的治疗效果，还能满足患者的美容需求。此外，光动力疗法作为辅助治疗手段和抑制肿瘤复发方面的作用也值得被重视。
2、电离干燥刮除技术：这也是一种简便、快速、经济的治疗基底细胞癌的方法，尤其对浅表性基底细胞癌患者，其治愈率可达91.0％~97.0％。但由于不能对病灶边界进行有效的评估，因此电离干燥刮除技术电离干燥刮除治疗后的复发率较高。
3、冷冻疗法：对于癌前病变或病灶很小的基底细胞皮肤癌患者，可以使用液氮冻死癌细胞。
4、靶向治疗：对于已经发生转移的基底细胞皮肤癌，可以使用靶向治疗，能抑制癌细胞的生殖。