男性不育症的主要治疗方法为药物治疗和手术治疗，常见的药物有头孢、阿莫西林及糖皮质激素等，手术方式有精囊镜、精索静脉高位结扎术及人工受精等。该病需要长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、头孢类抗生素：主要使用抗生素抗感染治疗，由细菌感染引起的睾丸炎应主要使用抗生素治疗，在临床上，主要是可以口服头孢类的抗生素，如头孢唑林钠等来进行抗感染治疗，效果比较好。但抗生素必须要在明确有病菌感染的前提下才可以使用，不能盲目滥用。
2、阿莫西林：阿莫西林杀菌作用强，穿透细胞膜的能力也强。多用于治疗生殖系统炎症，是目前应用较为广泛的口服半合成青霉素之一，其制剂有胶囊、片剂、颗粒剂、分散片等等。偶可见恶心、呕吐等不良反应，孕妇慎用。
3、糖皮质激素：糖皮质激素用于治疗输精管道炎症，也可用于激素替代疗法，补充患者体内的激素水，提高生育能力。具有调节糖、脂肪、和蛋白质的生物合成和代谢的作用，还具有抑制免疫应答、抗炎、抗毒、抗休克作用。长期大量使用可引起不良反应，包括骨质疏松、肌肉萎缩、皮脂功能亢进综合征等。
二、手术治疗
1、精囊镜：对合并血精及怀疑精囊结石或肿瘤的患者，可行精囊镜检查，精囊镜在做检查时可以冲洗积血和细菌。起到治疗的作用，通过精囊镜检查，可疏通精道和射精管，促进精液顺利排出。精囊镜检查需要患者在全麻或半麻的状态下进行，以减轻患者的疼痛，顺利完成检查过程。此外，患者在精囊镜检查的过程中可能需要接受外伤性手术，这会造成严重的疼痛。如果出现精囊感染，需要在精囊内注射抗感染药物，如发生精囊结石，需要使用异物钳，精囊内如出现点位性病变，则需要进行活检。
2、精索静脉高位结扎术：通过手术结扎曲张的静脉血管，从而阻止损害精子的物质反流，同时降低睾丸温度和静脉压力，改善精液的质量。
3、人工受精：对于先天畸形或发育不良严重等梗阻无法解决者，可考虑供精者精液人工受精。采用非性交的方式将精子递送到女性生殖道中以达到使女子受孕目的的一种辅助生殖技术。此种方法适用于睾丸显微取精完全无精子、患者伴有明确的遗传病及因各种原因不愿接受治疗的患者。