1、血象：白细胞总数明显增加，一般在20×10^9/L，高者可达40×10^9/L或以上，中性粒细胞在80%～90%。
2、脑脊液检查：脑脊液检查是诊断流脑的重要依据，如有明显颅内压增高或短期内进入昏迷的患者，尤其疑为暴发脑膜脑炎型者，更需谨慎。对诊断尚不明确者，应于静脉推注甘露醇降低颅内压后再作腰椎穿刺。在腰椎穿刺时如压力明显增高，则于穿刺后重复行甘露醇静脉推注。腰椎穿刺应在急诊时或入院后使用抗菌药物前实行，以免影响检查结果。
3、细菌学检查：
（1）涂片检查包括皮肤淤点和脑脊液涂片检查：染色后镜检，阳性率很高。脑脊液沉淀涂片亦较脑脊液培养的阳性率高；因此为诊断本病的不可缺少的检查步骤。
（2）细菌培养：
（1）血培养在流脑时阳性率不高，在败血症期或暴发型为绝大多数。必须注意在应用抗菌药物前采血作细菌培养，并选用良好培养基。
（2）脑脊液培养虽较脑脊液涂片阳性率为低，但仍属必要检查步骤。
（3）细菌药物敏感度试验培养阳性者，应作药物敏感度试验以作治疗的参考。　　
4、免疫血清学检查：
（1）抗原的免疫学检查包括对流免疫电泳、反向间接血凝试验、酶联免疫吸附试验、金黄色葡萄球菌A蛋白协同凝集反应、放射免疫法等。用以检测血液、脑脊液或尿中的脑膜炎球菌抗原。一般在病程的3天以内易获阳性。
（2）抗体的免疫学检查有间接血凝、杀菌抗体测定等。如恢复期血清效价大于急性期4倍以上，则有诊断价值。此外，抗体测定尚可用于检测人群的免疫水平，以及用以检测疫苗注射后的抗体反应。
5、分子生物学：PCR技术以其灵敏、快速、特异的特点，作为诊断技术已得到较广泛的应用。此方法可以快速检测不同种标本中的极少量细菌，其灵敏度可达到10～12DNA/50μl体系，比血清学检查灵敏得多，而且抗生素的应用对它的检出影响不大，并且接到标本后3~4个小时即可做出诊断，可以在疾病的早期辅助临床诊断。PCR扩增脑膜炎双球菌特异基因，不但可将流脑与其他细菌性脑膜炎区分开来，还可将脑膜炎双球菌分群、分型及进行耐药性研究。
6、其他：血液、尿素氮、肌酐、血气分析、血pH值、电解质、血及尿常规，以及休克时的中心静脉压和肺动脉楔压等监护对估计病情和指导治疗均有一定帮助，必要时选择有关项目进行测定。弥散性血管内凝血时，血小板、纤维蛋白原含量减少，凝血酶原时间延长，因子Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ含量减少，部分凝血活酶时间延长，而纤维蛋白降解产物浓度增加则可证实弥散性血管内凝血的诊断。脑脊液中的乳酸、乳酸脱氢酶等测定常有增高，对鉴别化脓性脑膜炎和病毒性或结核性脑膜炎有助。此外，X线检查可见节段性或大叶性炎症阴影，部分患者有少量胸腔积液。