对于肾痛的患者，首先应当明确具体的病因再给予针对性治疗。大部分的患者肾痛只是可能是腰痛，引起的疾病也不是肾脏的疾病，有可能是腰肌劳损、腰椎的骨质增生以及腰椎间盘突出所造成的。
对于腰肌劳损的患者，可以考虑给予理疗、推拿、按摩、针灸等；而对于骨质增生的患者，可以考虑口服硫酸氨基葡萄糖片以及非甾体类的消炎药；而对于腰椎椎间盘突出的患者，还可以考虑给予腰椎牵引，必要的时候还需要进行手术，如椎管狭窄的患者；而对于感染因素所造成的肾痛，可以考虑给予敏感的足量的抗菌药物进行应用，早期使用才能达到缓解。
必要时还可以行肾切除术，如果并发肾脏的脓肿，还应当给予切开引流、扩创引流等等。另外，引起临床上肾痛的原因，最常见的还有肾结石以及肾囊肿。对于肾结石的患者，如果较小，可以考虑给予保守治疗的方式，疼痛明显时，首先应当给予解痉的治疗，如6542、间苯三酚进行静脉滴注。
而对于合并感染时，还应当选用敏感的抗菌药物。感染控制后病情平稳，这种情况下，如果结石较小＜8mm，可以通过多饮水，适当的活动，如跳绳，口服排石颗粒的方式来促进结石的排出；而对于肾结石如果较大，还需要通过体外震波碎石或者经皮肾镜取石的方式，来达到治疗的目的。而对于肾囊肿的患者，可以考虑肾囊肿去顶减压，首选腹腔镜手术处理。
