灼口综合征的主要病因与局部病变、全身病变和精神因素相关，好发于更年期女性、糖尿病患者等人群。灼口综合征一般都是自发的，没有明显诱因。
1、局部病变：
（1）接触性过敏，常见于食物或口腔义齿及口腔填充材料中很多成分可以作为过敏原引起疼痛感。
（2）义齿，可能由于戴义齿的适应性过程中，舌部空间少，咬合位置不适合及垂直距离增加有关。但也有人认为烧灼感不过是由于义齿在口腔黏膜上简单摩擦所产生的副作用。
（3）感染，最常见的是真菌感染。
（4）局部刺激因素，如牙石、残根、残冠、锐利的牙齿边缘、不良修复体等均可引起，口腔修复体中不同金属间产生的流电刺激也是局部刺激因素之一。
2、全身病变：如激素水平变化、缺铁性贫血、糖尿病、维生素缺乏、血清铁与锌含量低下、药物性副作用、免疫性疾病、消化道疾病、外周神经生理病理改变及微循环障碍、舍古林综合征、唾液流率减少与化学成分的改变。
3、精神因素：这是原发性灼口综合征的主要病因。精神紧张、焦虑、人际关系紧张、遭受精神刺激、恐癌症、疑病症、抑郁症等往往可以引起或加重口舌疼痛不适症状，或成为灼口综合征的结果。精神因素还可造成口腔不良习惯，如磨牙症、紧咬牙、咬颊、伸舌，反复拉舌自检查等，以致引起口腔肌肉的紧张、疼痛，从而导致本病。
4、神经系统病变：目前有较多的研究显示神经病变的参与，疼痛感可能涉及中枢与周围神经系统，灼口综合征患者可伴有三叉神经传感器小C型神经纤维的改变及唾液中神经肽的异常检出。
5、其他系统性疾病：研究发现，类风湿等免疫性疾病易导致亚临床真菌感染，从而引起灼口综合征，消化道疾病引起营养失调，B族维生素、叶酸和微量元素缺乏，导致灼口综合征。