儿童恐惧症的治疗常采用药物治疗和心理治疗，而药物治疗一般只起到辅助的作用，因为它只是缓解症状，主要还是采用心理治疗的方法对患者进行心理干预。
一、药物治疗
1、五羟色胺再摄取抑制剂：它是临床常用的一种新型抗抑郁药，常用的有氟西汀、帕罗西汀、氟伏沙明等，可以缓解恐惧而且副作用少而轻。
2、苯二氮卓类：如地西泮(安定)、氟西泮(氟安定)、氯氮卓、奥沙西泮和三唑仑等，仅用小剂量就有良好的抗焦虑作用。
二、手术治疗
该病暂无手术治疗方式。
三、心理治疗
1、系统脱敏疗法：即在患者面对恐惧或焦虑对象的刺激时，同时加以与之对立的刺激，以帮助患者慢慢减少恐惧和焦虑，进而克服恐惧的症状。本质就是通过一系列的从强到弱的对立刺激，帮助患者培养和锻炼心理承受能力以及忍受能力，提高适应力。
2、暴露疗法：与脱敏疗法恰好相反，此疗法是从治疗之初，就鼓励患者通过想象的方法直接进入到最感到恐惧的情境中，在持续刺激下，虽然感到很害怕，甚至出现一系列恐慌症状，但是所恐惧的灾难却并未实际出现，于是，焦虑和恐惧感也会慢慢消失。
3、认知行为疗法：这一疗法不同于上面所说的暴露疗法等直接简单的方式，而是相对要复杂的多。选择从认知的角度对情感与行为进行诱导，其主要目的在于引导患者对自己的思维系统进行订正。
4、生物反馈疗法：生物反馈疗法是利用现代生理科学仪器，通过人体内生理或病理信息的自身反馈，使患者经过特殊训练后，进行有意识的“意念”控制和心理训练，从而消除病理过程、恢复身心健康的新型心理治疗方法。
四、其他治疗
音乐治疗是新兴的边缘学科，它以心理治疗的理论和方法为基础，运用音乐特有的生理、心理效应，使求治者在音乐治疗师的共同参与下，通过各种专门设计的音乐行为，经历音乐体验，达到消除心理障碍，恢复或增进心身健康的目的。