1、体格检查：医生通过视诊观察患儿生长发育情况，有无营养不良，检查腰部有无肿块，前列腺、附睾有无结核结节。
2、血常规：合并感染者出现白细胞、中性粒细胞升高。
3、肾功能：晚期患者出现肾功能异常，血清肌酐、尿素氮升高，常伴代谢性酸中毒和水、电解质平衡紊乱。内生肌酐清除率下降。
4、尿常规：早期尿常规异常可为无菌性脓尿和镜下血尿，分别可达46％~89％和12％~77％。蛋白尿(±~＋)见于13％~80％。
5、尿结核杆菌培养：取晨尿培养，结核分枝杆菌间歇性向尿中排出，治疗前至少留3次晨尿作检查，结核菌培养阳性率可达80％~90％。传统结核培养需时4~6周。
6、结核菌素试验：对于包括肾结核在内的肺外结核有诊断价值，但只能诊断有无结核感染，不能作为确诊活动性结核的依据。
7、核酸扩增技术：由于泌尿系统结核中结核菌从尿液中的排泄相对较多，因此，当前包括XpertMTB/RIF技术在内的分子检测技术可以尝试用于泌尿系统结核的诊断，但尿液检测尚缺乏可靠的临床试验进行验证。
8、X线：X线片的诊断价值较小，约50％的患者可见肺结核，其中约5％为活动性。腹部X线片可见肾实质钙化，呈斑点状、不规则形或分叶状的钙化，晚期可见整个肾脏钙化。全肾广泛钙化时可诊断为肾结核，局限的钙化灶应与结石和肿瘤钙化相鉴别。
9、CT：CT检查对诊断有重要意义，可发现肾盏肾盂结构改变、空洞或者钙化。
10、膀胱镜：肾结核累及膀胱可见黏膜充血、水肿及结核结节，病变多在患侧输尿管口周围，并向三角区和其部位蔓延。
11、静脉肾盂造影：在肾实质有明显破坏时才出现改变。肾盏改变(边缘不整、扩大、变形甚至消失)是重要的诊断依据；至病变严重时可出现输尿管狭窄，呈“腊肠样”或“串珠样”改变；晚期可见多个肾盏不显影或呈大空洞。静脉肾盂造影显示空洞形成和尿路狭窄为诊断本病的有力依据。显影不佳或有可疑病变时，进行逆行肾盂造影有助于诊断。