内脏血吸虫病的主要治疗原则是对症处理，内服抗虫药，外用安抚止痒剂，早期接受杀血吸虫药物治疗是治疗本病的关键举措。
一、一般治疗
高热、中毒症状严重者给以补液、保证水和电解质平衡，加强营养及全身支持疗法，合并其他寄生虫者应先驱虫治疗。
二、药物治疗
1、吡喹酮：吡喹酮对血吸虫各个发育阶段均有不同程度的杀虫效果。吡喹酮毒性较低，治疗量对人心血管、神经、造血系统及肝肾功能无明显影响，无致畸、致癌变发生。主要不良反应一般于用药后0.5~1小时出现，不需处理，数小时内便消失，少数患者出现早搏。
2、青篙素及其衍生物：口服青蒿琥酯后一般反应轻微，发热、头痛、恶心、呕吐、食欲减退、腹胀、腹痛、皮疹及瘙痒等不良反应发生率一般在1%以下。它是目前有推广应用价值的预防日本血吸虫感染的药物。口服青蒿琥酯后一般反应轻微，发热、头痛、恶心、呕吐、食欲减退、腹胀、腹痛、皮疹及瘙痒等不良反应发生率一般在1%以下。
3、糖皮质激素：可以抑制炎症反应，尤其是对神经受累的患者更为适用。抗生素不能够控制的病毒、真菌等感染，水痘、活动性消化性溃疡、胃或是十二指肠溃疡、严重的高血压、动脉硬化、糖尿病、角膜溃疡、骨质疏松、孕妇创伤或者手术修复期、骨折、肾上腺皮质功能亢进症、严重的精神病以及癫痫患者，再就是心脏和肾脏功能不全的患者，禁止使用糖皮质激素。
4、左旋吡喹酮：常用的吡喹酮是由左旋和右旋吡喹酮各半组成的消旋化合物，将合成吡喹酮的中间体拆分得到左旋吡喹酮，左旋吡喹酮是杀虫的有效成分，右旋吡喹酮几乎无效。左旋吡喹酮理化性质与吡喹酮几乎相似，副反应与吡喹酮相似。
5、六氯对二甲苯：该药是一广谱抗寄生虫药，能使血吸虫虫体细胞发生生理机能和组织形态的改变，引起性腺萎缩，肌肉活动能力减弱﹐雌雄合抱分离，被血流带至肝脏，最后被机体防卫机能消灭，口服后主要在小肠吸收，5~7h血清浓度达高峰。由于本品有蓄积作用，毒性反应多于治疗结束后2~3个月才能消失，在治疗过程中或治疗结束后一个月左右，主要反应有头昏、乏力、头痛、眼花、色视、夜盲等症状。
6、硝硫氰胺：该药为黄色结晶粉末，微溶于氯仿，不溶于水，对血吸虫成虫有杀灭作用(可能由于虫体三羧循环代谢受到干扰，虫体缺乏能量供应，最后导致死亡)，服药后第2d可见虫体全部“肝移”对童虫的作用较成虫弱，较大剂量才能阻止其发育为成虫。临床上可用于各型血吸虫病。对急性血吸虫病、退热较快，有确实疗效。
三、手术治疗
1、肝内门体分流术：主要适用于有门静脉高压表现的患者。可以降低门静脉的压力，缓解门静脉压增高带来的一系列症状。
2、脾切除术：主要适用于巨脾、脾功能亢进的患者，脾切除术可以改善脾功能亢进导致的红细胞、血小板的破坏，可以改善贫血和出血的表现。
四、其他治疗
内脏血吸虫病还应及时治疗并发症，改善体质，加强营养，巨脾、门静脉高压、上消化道出血等患者可选择适当时机考虑手术治疗。有侏儒症时可短期、间隙、小量给予性激素和甲状腺素制剂。