细菌性肝脓肿典型症状是寒战、高热、肝区疼痛和肝大，慢性肝脓肿时，患者食欲缺乏和周身乏力。严重时或并发胆道梗阻者，可出现黄疸。肝右叶脓肿可能会发生急性腹膜炎，少数情况下也可造成上消化道出血。
一、典型症状
1、寒战、高热：这种情况见于发病早期，是最常见的临床表现，一般多在先驱病变后突然出现寒战、高热，体温在38～40℃，呈弛张热型或间歇热型。每日可多次寒战、发热，体温很少降至正常，常伴有脉速、大量出汗等现象。每日有发冷发热者，提示为多发性肝脓肿
2、肝区疼痛：疼痛多为持续性钝痛，疼痛剧烈者常提示单发性脓肿。右肝脓肿者感右侧季肋部疼痛，左肝或左右都有肝脓肿者上腹部可出现疼痛。有时因炎性刺激膈肌或感染向胸膜、肺部发展而引起胸痛，刺激性咳嗽和呼吸时疼痛加重。疼痛常向右肩放射，左肝脓肿亦可向左肩放射。
3、消化道症状：由于脓毒性反应及全身消耗，多数患者有乏力、食欲不振、恶心、呕吐，短期内便可呈现重病面容，少数患者有腹泻、腹服、呃逆等症状。
4、肝大：70%的患者有肝大，肝明显向肋缘下增大者、多发性肝脓肿可能性较大。若肋缘下未触及肝脏，可能因脓肿位于肝顶部，或因腹肌紧张不易扪及。
5、肝区压痛、叩痛：肿大的肝脏常伴有明显压痛，叩击肝区时疼痛。肝右叶的脓肿，无论单发多发，多有右肋缘下压痛，肝左叶的脓肿可能有上腹部压痛。肝区有局限性压痛点者多为单发性，并可能靠近肝表面。
6、肝区局限性隆起：部分患者肝区可有局限性隆起，右胸常呈饱满状态，肋间隙增宽，并有触痛。如脓肿靠近体表，皮肤可见红肿，可触及波动感。
7、脾大：脾常有增大现象，而阿米巴肝脓肿者脾大不常见。有门静脉血栓形成者，疾病恢复后可出现门静脉高压症。
8、腹水：腹水见于晚期重症患者，以门静脉炎性肝脓肿较多见。腹水产生可能与以下因素有关，门静脉炎引起门静脉阻塞；多发性门静脉周围脓肿压迫门静脉影响循环；肝脏功能损害致低蛋白血症；若有脓肿破裂，并发弥漫性腹膜炎时亦可出现腹水。
9、黄疸：黄疸多出现在晚期，常见于多发性肝脓肿。因门静脉炎引起的肝脓肿黄疽较轻，由化脓性胆管炎引起肝脓肿则黄疸显著。
10、肺部改变：多为呼吸运动受限，呼吸音减弱，肺底部啰音及摩擦音。
二、其他症状
1、急性腹膜炎：肝右叶脓肿向腹腔穿破引起。
2、消化道出血：少数情况下，肝脏脓肿可穿破血管和胆管壁，引起大量出血并从胆道排出。
3、其他：慢性肝脓肿起病缓慢，症状不典型，可能会出现乏力、食欲减退、长时间低热、消瘦等。