安徽医科大学第二附属医院儿科是安徽省“十二五”临床重点培育专科、安徽医科大学第二附属医院重点学科、安徽医科大学儿科学专业牵头建设单位、安徽省儿科住院医师规范化培训示范基地、安徽省专科护理培训基地、安徽省社会工作专业人才实训基地、国家级儿童血液专业、内分泌专业、新生儿专业和儿童呼吸专业药物临床试验基地。2018年和2019年分别获“安徽省工人先锋号”和“全国工人先锋号”。
儿科现有医护人员124人，其中主任医师7人，副主任医师10人，博士生导师1人，硕士生导师4人，硕士学历40人，博士1人，在读博士6人。担任全国学术团体任职9人，省内学术团体任职16人，其中担任省级学会主委2人，1人担任国家儿童白血病专家委员会委员。
设有血液、内分泌、心血管、新生儿、儿童重症（NICU+PICU）、呼吸、消化、肾脏、神经及风湿免疫等临床亚专业，其中儿童血液专业、儿童内分泌在省内儿科学界处于领先地位。目前开设5个病区，固定床位数为200张，同时设有门诊雾化功能室、儿童肺功能室、内镜中心（小儿支气管镜及小儿胃镜）和门诊诊区、急诊诊区和门诊儿科输液大厅。
科室设备精良，拥有一流的设备如纤维支气管镜、有创/无创呼吸机、CRRT血液滤过仪、床旁脑功能监护仪、亚低温治疗仪、呼气末二氧化碳监测仪、NO治疗仪、新生儿急救转运车、血气分析仪等。2021年1月-10月科室年门诊近30余万人次、住院患者11000余人次，其中外埠患者55.6%，规模处于全省前列。
科室有各类临床科技项目24项。与国内外多家医院联合开展多中心合作10项。近5年在国内外核心杂志共发表学术论文120余篇，其中SCI论文11篇，安徽省自然科学优秀学术论文1篇，参编专著4部。累计主办国家级和省级学术会议20余次。与安医大基础医学院生理学就“外泌体在儿童疑难重症疾病中的作用及临床应用价值”，达成了学科共建项目（2020lcxk017）；与安医大免疫学就“CART治疗儿童难治性白血病和淋巴瘤的临床疗效研究”达成了学科共建项目（2021lcxk030）。
自2010年起开展儿童白血病大型社会公益活动--“我们的六一”，关爱白血病儿童和弱势群体，获得良好的社会效果，已经成为国内著名的社会公益项目。
