黑龙江中医药大学附属第一医院肛肠科，成立于1966年，是黑龙江省三级甲等医院中成立最早的治疗肛门、直肠及结肠疾病的专科，现已成为集医疗、教学、科研为一体的综合性肛肠病专科。目前是黑龙江中医药大学中西医结合临床（肛肠专业）硕士学位授予单位，现有主任医师3名，副主任医师3名，主治医师1名，住院医师1名。其中硕士研究生导师3名，医学博士2名，医学硕士5名。
肛肠科自成立以来，一直坚持中西医结合的方向，发挥传统中医与西医的优势，充分利用现代化的先进仪器设备，开展各种肛门、直肠及结肠疾病的检查、诊断及治疗。目前肛肠科广泛采用无痛手术疗法治疗痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛瘘、肛门或直肠狭窄、直肠脱垂、直肠前突、直肠粘膜内脱、直肠息肉等各种肛门、直肠疾病，手术创伤小，痛苦轻，无后遗症。同时手术前后配合使用中药口服、灌肠、坐浴、熏洗、外敷等多种中医综合治疗，疗效显著。
在治疗先天性或外伤性肛门、直肠疾病方面，如先天性肛门直肠狭窄、肛门闭锁、异位肛门、直肠阴道瘘、肛门或直肠外伤、肛门括约肌损伤性失禁等多种疾病，也取得显著疗效。另外，肛肠科还开展电子结肠镜下的直肠、结肠息肉的电切治疗，以及肛门、直肠结肠肿瘤的手术等综合治疗，也取得了显著的效果。
在长期习惯性便秘及顽固性便秘的治疗和研究方面，也取得了令人瞩目的成果。尤其在对直肠、结肠器质性病变引起的便秘的研究方面，位于全国前列。打破了长期习惯性便秘是肠功能性改变这一传统思维，开展了结肠气钡造影、结肠慢传输试验、排便造影及纤维结肠镜等检查，明确了便秘的诊断。同时开展了便秘的手术与非手术治疗，经过二十余年上万例患者的治疗，总结出了一整套疗效确实可靠、愈后效果良好的治疗体系。
肛肠科还突出中医特点，辨病与辨证相结合，中药内治、外治并用，采用专病专方专药治疗各种类型的直肠、结肠炎症性疾病，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等疾病，治疗效果良好。
