中国医科大学附属盛京医院小儿外科创建于1956年，是全国几所著名医科大学最早设立的小儿外科专业之一，是东北地区首家集科研、教学、医疗为一体的小儿外科专业单位，是第一批国务院硕士研究生授权点，1978年开始招收硕士生，1990年被批准为博士学位授权点，1996年被评为辽宁省重点学科，同时建立了卫生部小儿先天畸形重点实验室。
小儿外科现有床位175张，下设小儿普外胸外科、新生儿外科、泌尿外科、小儿骨外科等三级学科，并设有小儿消化道功能检测室和生物反馈治疗室。现有医护人员80余人，其中医生40人（教授10人，副教授12人，博士生导师7名，硕士生导师18名）。小儿外科年门诊量达6万余人次，年手术量6000余例，可完成小儿外科各种常规及疑难和复杂的手术。
以先天性消化道畸形、泌尿系畸形和四肢、脊柱畸形为重点，其中先天性肛门直肠畸形、发育性髋脱位等疾病诊治均为国际先进水平，并于国内率先开展了胎儿产时外科，其不开腹巨结肠根治术，生物反馈治疗尿便障碍、脊柱侧弯矫形及小儿肾积水的诊治均独具特色，处于国内领先地位。并开展了腹腔镜、胸腔镜、结肠镜、关节镜等微创手术，治疗效果显著。
目前已成为我国重要的小儿外科中心之一，是东北地区最大的小儿外科疾病诊治中心，承担整个辽沈乃至东北地区小儿外科急重症和复杂病例的诊治工作。2013年小儿外科获得国家临床重点专科建设项目。在复旦大学医院管理学院公布的最佳专科信誉排行榜中，小儿外科连续四年位列第三位。
学术带头人，小儿外科教研室主任王维林教授，为我国小儿外科界著名专家。现任中华医学会小儿外科分会主任委员、辽宁省小儿外科分会主任委员、全国小儿肛肠外科学组组长、《中华小儿外科杂志》副总编辑等。
小儿外科科研方向是小儿先天性畸形的基础与临床研究。根据中华小儿外科杂志编辑部2007年统计，近20年来，中国医科大学附属盛京医院小儿外科在国家核心期刊《中华小儿外科杂志》发表的论文数量与上海复旦儿科医院、上海交大新华医院（含上海儿童医学中心）三家位列前3位。
目前已形成以先天性消化道畸形、神经管畸形、先天性肾积水和脊柱四肢畸形四个方向为主攻的科研领域，尤其在先天性肛门直肠畸形、先天性髋脱位等研究领域做了许多开创性工作，取得多项科研成果，形成小儿先天性畸形系列研究的国内领先学科地位。2007年末，由王维林教授牵头、凝聚小儿外科三代专家学者28年研究心血的《先天性肛门直肠畸形临床与基础系列研究》荣获国家科技进步二等奖。
科研能力处于国内领先水平，每年承担多项国家自然基金课题和省部级研究课题，获科学技术进步奖多项，平均每年获得资助的各项科研经费约200万元左右，平均每年培养硕博士研究生10余人。平均每年获得国家自然基金1-2项，省部级科研成果1项，年平均在国内外核心期刊发表论文40余篇，其中被SCI收录5篇左右。
目前小儿外科与美国、日本、英国、西班牙、韩国和中国香港知名大学小儿外科之间建立良好的合作关系和学术往来，使学科水平和医疗技术与国际接轨，并与香港大学医学中心合作建立了小儿外科医师培训中心。使小儿外科立足国内领先，并走向世界。
