南京医科大学眼科医院眼科，严格按照专病诊疗流程，开展专家专病、专病专治，在江苏省率先开展以下方面的特色诊疗并处于领先地位：
1、准分子激光近视眼治疗：采用德国ESIRIS最新一代角膜波前像差引导的个性化飞点扫描准分子激光系统，其0.8mm直径是当今最小激光斑，220Hz的最高切削速率配以无以伦比的激光制导330Hz超切削速率虹膜瞳孔双重安全跟踪系统，使切削面更加光滑、组织损伤最小、手术安全性最高，准确率显著提高，回退率降至最低。
2、白内障超声乳化人工晶体植入：引进最先进的美国冷超声乳化联合WS操作系统是当今超声乳化中的贵族，避免了术中超声对眼内组织的热损伤，降低了不可逆性角膜及视网膜黄斑损伤的可能，使白内障手术更加安全，术后视力恢复更快、恢复效果更好。
3、青光眼：拥有最先进的OCT、视功能检查仪、电生理等全套青光眼诊断设备，规定了严格的青光眼早期筛查流程，对高眼压症、正常眼压性青光眼及可疑青光眼等疑难病例的诊断有了质的提高，并开展药物、激光、显微手术等各种抗青光眼治疗手段。
4、视网膜玻璃体：以最齐全的设备为基础、高超的眼内显微手术技巧为保证，诊治了大量增殖性糖尿病视网膜病变、早产儿视网膜病变、视网膜脱离、眼底肿瘤等一系列疑难病眼病，并开展了黄斑区内界膜剥离术、黄斑下新生血管膜的药物、TTT、PDT、手术的立体化治疗手段以及复杂性视网膜脱离等高难度高精尖手术。
5、角膜病：常规开展角膜板层移植和穿透性角膜移植外，还开展了眼球前段再造术、羊膜移植和高难度深板层角膜移植手术治疗角膜白斑、变性、眼表化学烧伤等。圆锥角膜镜、透气性硬性角膜接触镜，疑难角膜病的药物联合治疗也是南京医科大学眼科医院的专病治疗特色之一。
6、斜视弱视：配备国内外先进的斜视弱视诊疗设备，包括视觉电生理仪、诱发电位视觉诊疗系统、视功能仪、同视机、黑斯屏、三棱镜、线状镜和光刷、光栅、后像弱视训练仪等。对斜弱视患者进行全面规范的系统检查和多种视功能训练方法，大大提高了弱视的治愈率，并以准确的医学验光为基础，准确有效地开展疑难性斜视的显微手术矫正，包括麻痹性斜视的矫正等。
7、眼表及泪道疾病：首家开展一系列泪道疾病的治疗：包括泪道激光、泪道置管、泪道成形、泪管断裂再接、泪道冲洗探通等；并开展泪小点栓子治疗干眼症等眼表疾病。
8、医学验光医学配镜：率先制定出规范的验光配镜诊疗流程，除开展常规框架眼镜验配外，还对疑难屈光度框架眼镜验配、屈光不正伴有斜视的棱镜验配、阻止儿童近视加深的角膜塑性镜、安全性更高的透气性半硬性隐形眼镜、老花眼首选的渐进多焦镜等方面具有丰富的临床经验。眼科还广泛开展具有高水平的眼眶肿瘤、眼整形手术以及各种眼科疑难杂症的诊治。
