上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科，前身是原广慈医院的一栋隔离病房大楼。始建于1930年，1931年建成并开始收治传染病病人，该大楼在当时属于比较现代化的，专供法定传染病病人住院隔离，设有消毒房、焚化炉、病房消毒器、手术室、药房、中西配餐室等。病人住院后完全不能探望，仅由医生定期在门口做病情解答。
消毒制度也比较严格。病房主任是一位法国人，名叫Veillot，有护士10位，半数为法籍修女，工作语种是法语，查房和写病史开医嘱均用法语，因为有其他国籍的病人，所以有时查房也用英语。1952年Veillot主任离职，1952～1954年由邝安堃、高镜朗、李呸光教授每人每周查房一次。1954年起杨宜教授到任第一届传染科主任。
上海第二医学院建校后，设立了传染病及流行病教研组，直属二医领导，为一级教研组，由杨宜教授担任教研组主任。当时科研工作以血吸虫病为主，杨宜教授为我国血防工作作出了很大贡献，受前卫生部部长钱忠信委托，负责验证吡喹酮治疗我国血吸虫病的疗效及推广，受到了卫生部的嘉奖。
1980年起王耆皇教授担任传染病学科主任，学科以重症肝炎发病机制及治疗作为主攻方向，在沈耕荣及周霞秋教授的大力协助下，成立了重症肝炎研究室。
作为组长单位，上海瑞金医院感染科先后主持了国家“六五”、“七五” 及“八五”攻关课题“重症肝炎发病机制及治疗研究”，获科研经费近300万元，取得了许多重大成就，为提升我国重症肝炎的基础研究及临床救治水平作出了突出贡献，上海瑞金医院感染科也由于在重症肝炎研究领域的杰出成就而闻名于海内外。
在此期间，在陆志檬教授大力协助下，成立了临床病毒研究室，开展病原学分子诊断及病毒性肝炎免疫发病机制的研究，雄厚而扎实的科研实力为瑞金医院感染科博士点及博士后流动站的建立奠定了坚实的基础。
此后，周霞秋、陆志檬、蔡伊梅、诸葛传德等教授进一步传承了学科的发展优势。目前以谢青及张欣欣教授等海外留学人员为首的新团队，正以全新的开拓精神审视当今传染病学科的发展趋势，非常注重科研对学科发展及临床医疗水平提高的巨大促进作用。为了不断提升学科的科研及临床医疗水平，上海瑞金医院感染科先后选送了大批优秀医务人员出国培训，并积极开展与国外著名医疗机构进行合作研究，以增强学科发展后劲。
目前瑞金医院感染科，除继续保持了在重症肝炎研究领域的领先优势外；在病毒变异研究、病毒性疾病分子诊断、慢性乙型、丙型病毒性肝炎抗病毒治疗的优化及耐药检测、肝移植术后乙丙型病毒性肝炎的复发、肝细胞损伤分子机制及治疗干预等研究方面都居于全国领先地位。
此外，感染科还致力于感染性疾病的基础及临床研究，对发热性疾病待查、肝炎病毒基因变异与致病性的关系、细菌耐药性监测及耐药机制等也进行了深入研究；作为全球多中心临床药理基地，上海瑞金医院感染科还积极参与对抗感染药物尤其是抗肝炎病毒药物临床疗效的评价；艾滋病基础与临床研究是感染科正在努力拓展的一个新领域，并已积累了一定的经验，感染科病毒实验室已被上海市批准为艾滋病初筛实验室。
上海瑞金医院感染科由临床、重症肝炎研究室、临床病毒研究室及传染病与流行病教研室组成。临床核定床位96张，收治病种广泛，在综合性教学医院中，瑞金医院感染科规模居全国前列。
有着近百年辉煌历史的上海瑞金医院感染科，在过去二十年来承担了国际合作课题1项、国家科委攻关课题4项、国家自然科学基金课题7项、卫生部科研课题3项、国家教育部课题1项、省市级课题26项，总科研经费达511.43万元。雄厚的科研及临床实力、先进的检测手段，为上海瑞金医院感染科高水平的医疗质量奠定了基础。
随着新建十层感染科-肺科大楼的竣工使用，在院领导的关怀指导及其他兄弟科室的帮助及协作下，在老一辈传染病学家悉心指导、教育和帮助下，在新一代睿智、具有开拓精神、学术功底深厚并具有良好海外研究背景的年轻教授带领下，上海瑞金医院感染科一定能为我国传染病防治水平的提高及公共卫生体系的建设作出应有的贡献。
