北京协和医院泌尿外科始建于二十世纪四十年代。50年代由老一辈医学家虞松庭、吴阶平、施锡恩创建了一定规模的专科。60年代至80年代刘国振、吴德诚、臧美孚等专家教授将其发展成为国内著名的泌尿外科专业科室。
在协和“严谨、求精、勤奋、奉献”院训的激励下，经过几代人数十年的努力，目前已发展建设成为国内一流的具有肾上腺外科、泌尿微创外科、肾移植、泌尿男生殖系肿瘤、尿路结石、普通泌尿外科、男科学等专业领域的科室。
医院泌尿外科现有3个病区，病房床位数110张（普通病房92张，特需病房18张）。具有先进完备的检查、检验及治疗设施，可以进行各种临床所需的检查化验和治疗。
除多套腹腔镜手术设备、3D腹腔镜设备、机器人腹腔镜手术系统及影像一体化手术室之外，拥有国内一流的膀胱镜检查造影设备、输尿管硬镜及软镜、经皮肾镜、2um激光、1.9um激光、钬激光、EMS碎石机、体外震波碎石机、超声波诊断仪、影像尿动力学诊断仪、前列腺癌近距离治疗仪、性功能诊断仪、生物反馈治疗仪和先进的腔道泌尿外科诊断治疗设备。
每年收治住院病人4000例以上，年手术量3900例次，其中疑难、复杂手术约占1/3。
年门诊量已超过12万人次，年门诊手术（包括膀胱镜检查）4500人次。为方便患者就医，门诊设有男科、结石、肿瘤、肾上腺外科等亚专科门诊。
科室现有医师35名，护士32名，技师3名。其中主任医师9人，副主任医师10人，主治医师12名，住院医师3名，研究生10名。现有中华医学会泌尿外科学分会常务委员一名，北京医学会泌尿外科学分会副主任委员一名，中国医师协会男科医师分会副会会长一名，北京医师协会男科医师分会会长一名。
北京医学奖励基金会泌尿外科专家委员会主任委员一名，北京肿瘤学会泌尿肿瘤专业委员会副主任委员一名，其他学会委员多名；《中华泌尿外科杂志》编委一名，《中华外科杂志》编委一名，《中华男科学杂志》副主编一名，及其他多个专业杂志的编委。
科室承担着中国协和医科大学的泌尿外科教学任务，作为北京市住院医师规范化培训基地，临床博士后流动站，培养了大批优秀的住院医师及博士后。作为全国基层医疗机构培训基地，每年接收全国泌尿外科医师进行合理用药方面的短期培训（LEAP）。
是国务院学位委员会国内最早授权的泌尿外科博士授予点之一，现有博士生导师6名，硕士生导师5名。近年来先后培养博士及硕士研究生30多名。现在每年招收博士及硕士学位研究生6-8名，现有在职研究生10名。
科室作为卫生部临床重点专科，每年主办多次全国会议。先后获得卫生部科技进步奖1项，中华医学科技奖1项，华夏医学奖1项，院校科研与医疗成果奖20多项，与其他科室合作获得的国家科技进步奖一项。有国家自然科学基金等多项研究课题。重视学术水平，鼓励进行科研设计和发表学术论文，每年发表国内核心期刊文章及SCI文章三十余篇。获国家发明专利5项。
2017年2月22日，中共中央政治局委员、国务院副总理刘延东到北京协和医院调研。刘延东副总理、卫计委李斌主任等来到协和医院泌尿外科病房。
刘延东副总理详细了解协和医护服务、质量管理和费用控制、医院文化建设等情况，充分肯定协和“待病人如亲人、待同事如家人”理念，充分肯定协和医院在医疗服务、质量安全管理、医学科研、人才培养、医疗支援、合理用药等方面的经验。
目前医院泌尿外科是一个充满朝气、团结向上、积极进取的团队，近年来出现可喜的强劲发展势头。我们将继续拓展优势项目，在医院整体发展的框架下，开拓创新，不断提高医疗技术和服务质量，推动泌尿外科的临床和基础研究，培养更多的专业人才，必将为中国医学事业作出协和医院泌尿外科应有的贡献。
我们愿把严谨的科学工作作风、精湛的医疗技术和优质的服务奉献给广大的就诊患者，愿所有的病患成为我们一生的朋友！
