北京大学第三医院眼科创立于1958年，由著名眼科专家李凤鸣教授率张惠蓉、赵光喜、朱秀安等老一辈眼科专家，在医、教、研方面全方位发展，跻身于我国眼科先进行列。李凤鸣教授主编的《眼科全书》是我国第一部眼科大型专业性学术著作，荣获1998年卫生部科技成果一等奖。
在三院眼科基础之上，北京大学眼科中心于2001年10月成立，建筑面积10，000m2；集眼科临床、教学和科研于一体，为国家重点学科、北京市重点实验室、国家临床药理试验基地。
眼科中心由美国约翰霍普金斯大学曹安民教授担任首任主任，2010年4月-2014年9月，我国著名眼底病专家马志中教授继任主任，王薇教授、郝燕生教授任副主任。2014年10月起，由王薇教授担任主任，洪晶教授、王常观副主任医师担任副主任。2018年8月后，洪晶副主任主持工作并分管科研工作，王常观主任医师、陈跃国教授分别担任医疗副主任及教学副主任。
北京大学第三医院眼科中心重视人才战略和梯队建设，下设11个亚学科，分别与国际眼科亚科相对应，即：玻璃体视网膜科、白内障与老年眼病科、角膜科、青光眼科、准分子激光科、斜视与小儿眼科、眼底病内科、眼整形美容科、眼外伤科、干眼病科和神经眼科。从全国招聘眼科著名教授、一流专家担任亚学科主任，在自主创新的平台上组成眼科中心飞速发展的骨干力量。
眼科中心设有病床80张，日门诊量逾千人次，年手术量20，000例。外省病人转诊比例由2001年的5％增长到2010年的34％以上，表明我中心的诊疗实力在全国眼病患者心目中的影响力日益突显。现有专业医师61人，具博士学位者超过80%，高级职称专业人员42人、博士生导师7人，硕士生导师9人。
中心成立至今培养博士后3名，博士生80名，硕士生63名，进修医300余名。眼科中心拥有世界最先进的眼科设备及眼科医疗、教学和科研平台，跻身于国内TopTen最主要眼科机构之一。
位于眼科中心大楼六、七层的眼科研究所，占地1，125m2。拥有激光共聚焦显微镜、超高速冷冻离心机、视觉电生理仪、荧光显微镜及照相系统、凝胶成像系统、超薄冰冻切片机、梯度PCR仪等先进实验设备和实验平台。拥有病理研究室、分子生物学实验室、眼库、免疫实验室、干细胞实验室、超微结构实验室，以及DryLab和WetLab两个教学实验室，是功能强大的眼科基础研究平台，是北京市唯一具备临床病毒检验资质的眼科实验室。
眼科中心秉承北京大学医疗机构的特点，十分重视科研工作，2010年至今在国外权威眼科杂志共发表122篇SCI论文，在研课题基金包括国家自然科学基金、科技部“973”课题基金、北京市自然科学基金、教育部博士点基金、北京市科委基金、教育部新教师基金等，基金总数逾千万。
北京大学第三医院眼科中心环境幽雅、温馨，服务热情、周到，其独具匠心的医疗空间设置，令人耳目一新，充分体现人文关怀的整体设计，曾被媒体称之为“彩色的眼科医院”。中心全体医护人员致力于中国眼科事业的发展，愿意为全国防盲治盲工作贡献力量，并努力使之成为国际著名的眼科中心。
