上海交通大学医学院附属新华医院病理科，现有医师13名，全部为硕士研究生以上学历，其中主任医师2名、副主任医师2名、主治医师7名、住院医师2人。技术员13名，其中3名为主管技师。2017年完成常规病理6万余例，冰冻近8000例，免疫组化1万余例，细胞学2万余例，分子病理千余例，解决外院疑难病例的诊断和鉴别诊断500余例。
病理科是以成人外科病理和小儿外科病理为主体，骨髓病理、细胞学病理、免疫病理、分子病理等多种分支病理为辅所组成的一个综合性临床病理科室，是上海三级甲等医院中检查项目最多的病理专业科室之一。
作为病理科特色的儿科病理年外检量达6000余例，尤其在小儿先天性巨结肠粘膜活检的诊断等方面多年来一直保持着自己的特色，在国内居领先地位。在儿童肿瘤病理方面也有着丰富的经验，每年接受来自全国各地的儿科病理会诊200余例。成人病理方面，在与消化科胃镜室的密切合作下，近年来早期胃癌诊断率显著提高。
对一些疑难杂症如恶性淋巴瘤、急性白血病等诊断和鉴别诊断方面亦有独到之处。病理科先后与胸外科、泌尿外科、神经外科、呼吸内科、肿瘤科、消化内科、普外科、血液内科、小儿神经外科、儿童血液肿瘤科等临床科室开展学术交流，积极开展多学科诊疗（MDT）。
自2016年分子病理实验室成立以来，已经成熟开展的FISH技术增加了多项检测项目，检测病例数突飞猛进。
目前FISH检测的20余种探针已经覆盖了人体脏器的9大系统，应用范围广泛。实验室应用荧光实时定量PCR技术，陆续开展了针对肺部肿瘤和肠道肿瘤的组织切片中EGFR、ALK/ROS1、KRAS、NRAS、BRAF，乳腺癌PI3KCA等多项基因突变的分子检测，在此基础上积极开展了测序技术，目前可检测MSI、淋巴瘤基因重排、胶质瘤IDH1、TERT、胃肠道间质瘤C-kit、PDGFRA等基因。满足了临床科室日益增长的靶向治疗，预后评估的需求，更好地为患者服务。
