不同病因导致的脑脊液载脂蛋白A1，需针对具体病因进行相应治疗。治疗方法一般包括药物治疗、手术治疗、溶栓治疗等。适当进行饮食调理及生活方式管理，对机体的恢复也有一定的辅助作用。
1、脑梗死：可采用静脉用神经保护剂，包括依达拉奉、神经节苷脂等；口服抗血小板聚集、稳定动脉硬化斑块等药物，如阿司匹林、降脂药等。而且因脑梗死患者溶栓治疗有严格的3小时时间窗，因此发病及时送医很重要。
2、脑膜炎：应该根据不同的类型、根据具体情况治疗。如结核性脑膜炎应遵循“早期、适量、联合、规律、全程”的治疗原则积极抗结核；病毒性脑膜炎的患者应控制体温在正常范围内，降低颅内压，预防细菌感染同时积极抗病毒；化脓性脑膜炎抗生素的选择尤其重要，在病原菌未检出前应根据化脑的流行病学数据及时应用抗生素。
3、脑囊虫病：多由食用猪绦虫卵污染的食物引起，治疗上可以采用药物治疗，如丙硫咪唑。若存在多发病灶或引起脑水肿、颅内高压等问题，必要时行外科手术治疗。
