对于存在粪瘘的患者，可以通过体格检查、实验室检查等检查来明确诊断。
一、体格检查：
1、专科体格检查：首先观察外阴发育情况，有无畸形、皮炎、溃疡、赘生物或者肿块。放置阴道窥器检查，观察阴道前后壁以及侧壁是否有瘘孔、瘘孔的大小。三合诊检查尤为重要。
2、直肠指诊：能够扪清瘘孔的位置、大小以及与阴道的关系。
二、实验室检查：
如血常规，常规检查外周血细胞计数，红细胞沉降系数以及C反应蛋白等非特异性炎症标志，检查机体是否伴发感染。如果白细胞升高伴中性粒细胞增高，提示机体有细菌感染。
三、影像学检查：
1、消化道钡剂造影：消化道钡剂造影有助于了解消化道病变情况，以及查看瘘孔的位置，瘘孔与其他器官的关系。
2、阴道内窥镜检查：阴道内镜检查可以发现体格检查扪及不到的瘘孔，阴道内窥镜检查可以发现阴道穹窿处的小瘘孔，还能发现小肠和结肠阴道瘘。
