慢性结肠炎的治疗方法主要有药物治疗、手术治疗和中医治疗。其治疗原则是去除病因，应用药物保护胃黏膜、对抗病原体、消除肠毒素及对症治疗。慢性期以保守治疗为主，中医辨证施治，爆发型或内科治疗效果不佳者可外科手术治疗。

一、药物治疗

常见药物：柳氮磺吡啶栓、氟哌酸胶囊、环丙沙星、甲硝唑、强的松、地塞米松、复方樟脑酊、洛哌丁胺等

1、病因治疗：根据细菌培养及细菌药敏试验，选用针对致病菌的抗感染药物，如氟哌酸胶囊、环丙沙星、甲硝唑、柳氮磺胺吡啶水杨酸制剂(艾迪莎、美沙拉嗪)等，或抗生素保留灌肠，如复方诺氟沙星灌肠液。根据病情选用皮质类固醇，常用药为强的松或地塞米松，但目前并不认为长期激素维持可防止复发。

2、对症治疗：胃肠解痉药，如阿托品、普鲁本辛、硝苯地平等；止泻药，如复方樟脑酊、思密达、洛哌丁胺等；肠道菌群调节药，如双歧杆菌活菌制剂、双歧三联活菌制剂、乳酸杆菌等；增加胃肠蠕动药，如吗丁啉、西沙比利等；缓解便秘药，如口服果导片、外用石蜡油、开塞露。

二、手术治疗

约20%-30%重症慢性结肠炎患者最终需进行手术治疗。目前慢性结肠炎有四种手术可供选用，即结直肠全切除、回肠造口术、结肠全切除、回直肠吻合术、控制性回肠造口术、结直肠全切除、回肠袋肛管吻合术。

三、中医治疗

根据中医整体观念，可以针对不同病因，多角度进行治疗，发挥中医辨证论治的优势，因而疗效显著。由于本病具有虚实夹杂、寒热错杂的特点，调理病人的肝肾脾胃，增强人的体质，以此达到机体抗病毒目的。