心包囊肿需要与支气管囊肿、食道囊肿、心包脂肪垫等疾病进行鉴别：
1、支气管囊肿：好发于支气管，周围圆形或椭圆形水样密度均匀影，边缘光滑锐利，与支气管相通，可随呼吸大小改变，如含有部分液体时形成气液囊肿，CT表现密度均匀，囊壁薄，内缘光整，可造成邻近气管或支气管受压变窄CT值为30-50Hu，两者可通过MRI及B超进行鉴别。
2、食道囊肿：位于后纵隔前部食道旁圆形或椭圆形囊性肿块，轮廓光滑囊壁较厚>4mm呈肌性软组织，局部食道可压CT值为50Hu左右。两者可通过CT进行鉴别。
3、心包脂肪垫：常见于肥胖者，以左心膈角较多，没有完整轮廓，密度较心包囊肿更低，侧位片往往显示不清，CT值呈现负值。通过超声心动图以及CT可与心包囊肿进行鉴别。
4、淋巴管瘤：纵隔囊性淋巴管瘤是一种少见的纵隔良性肿瘤，CT显示肿块为囊性，边界清晰，无周围侵犯，本病易误诊为心包囊肿，因此需严格进行鉴别诊断。纵隔型囊性淋巴管瘤相对少见，尤其是单房型影像无特殊，术前诊断困难，当纵隔出现囊性肿块时应将其作为鉴别诊断之一予以考虑，以提高诊断准确率。
