食管空肠吻合术并发症有吻合口漏、吻合口狭窄，除此之外还有其他并发症，如膈下感染、败血症、感染性休克。
1.吻合口漏：原因是手术操作有一定的深度，食管血供较差，食管残端切断后易回缩，吻合口又较小，手术吻合有难度，因而发生吻合口漏的概率较高。一旦发生吻合口漏，应立即禁食，可置入带膜支架，或再次手术，并于吻合口旁放置引流管，做负压吸引，通过远端空肠置一空肠造瘘管做肠内营养。
2.吻合口狭窄：可能因吻合口黏膜对拢不齐或断端不平整，肉芽过度生长以及为防吻合口漏而缝合过密，内翻过多有关，当然也与吻合技术熟练程度有关。发现吻合口狭窄后，应及时拆除缝线重新吻合。
3.其他：食管空肠吻合术后还可能出现膈下感染、败血症、感染性休克等并发症，严重者甚至造成死亡，需要积极预防性应用抗生素，做好对症处理。
