甲状腺发育不全是婴幼儿临床甲状腺功能减退症最常见的原因，而自身免疫性甲状腺疾病是青少年获得性甲状腺功能减退症最常见的病因。儿童青少年甲状腺功能减退症，需要甲状腺激素终身替代治疗，而对于新生儿甲减，甲状腺激素替代3年后可以试停2-3周，然后定期检查甲状腺功能，以了解患者是否需要终身甲状腺激素替代治疗。青少年甲状腺功能减退症应治疗随访，在TSH稳定前，每6-12周检测一次甲状腺激素水平，直至促甲状腺激素水平稳定。TSH稳定后，每3个月复查1次甲状腺激素水平。青春期时，每4-6个月复查1次激素水平、青春期后，每6个月复查1次激素水平即可。

关于亚临床甲减在何时启动治疗的问题临床上还存在一定的分歧，大多数青少年亚临床甲减不会发展为临床甲减，故不予治疗可能不会带来严重的风险。甲状腺过氧化物酶抗体，的阳性可以帮助筛选有可能进展为临床甲减的高危人群，有研究显示，TPOAb阳性的患者其临床甲减的危险性增加了3.4倍。另外，对于青少年亚临床甲减患儿，不予治疗也未显示短期或者长期的不良结果，包括对其线性生长阻滞、心血管疾病、行为异常和认知障碍等的风险。但对于总胆固醇和低密度脂蛋白升高的亚临床甲减青少年患者，可以受益于甲状腺激素的补充治疗。另外对于经历过辐射治疗的患儿，其由亚临床甲减发展为临床甲减的风险增加。