肛瘘手术有一定的痛苦，因为在患者肛门处做手术，手术治疗后局部疼痛感比较明显，在患者排便时、活动时，甚至在患者换药时，局部的疼痛依然比较明显。必要时可以口服止痛药，比如塞来昔布胶囊，或者复方曲马多片等药物，如果疼痛更加明显，可以考虑肌肉注射止痛药物。另外，还需要对伤口定期进行换药，高锰酸钾溶液坐浴等，这样都能够促进伤口的愈合。
有很多的肛瘘是继发在肛周脓肿的基础上出现，在患者的肛门周围局部有瘘口的，所以需要做手术治疗，手术方式比较多，比如瘘管切开、瘘管切除，或者瘘管挂线手术，主要是根据肛瘘的内口高低情况决定。如果内口比较高，在齿状线以上，一般建议做挂线手术；如果内口比较低，可以做瘘管切除手术。不管是哪一种手术，在手术后肛门周围都会有些疼痛，短期之内疼痛明显，一般一周左右疼痛就有所缓解。
