化脓性感染选择抗生素，一般需要根据引起化脓性感染的细菌种类，再进行药敏试验，根据试验结果来选择和调整抗生素的种类，以便达到治疗效果。
化脓性感染主要由革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌感染所致，可导致皮肤软组织、深部脏器出现化脓性改变，常见的有疖、痈、丹毒、肝脓肿、急性阑尾炎等。如果是金黄色葡萄球菌、链球菌引起的化脓性感染，可以选择青霉素类抗生素，如注射用哌拉西林钠。如果是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌感染，可以选择注射用盐酸万古霉素、利奈唑胺片等。如果是大肠杆菌、肺炎克雷白菌等革兰氏阴性杆菌引起的急性阑尾炎、肝脓肿，应该选择第三代头孢菌素，如注射用头孢哌酮钠。如果是耐药的大肠杆菌或肺炎克雷伯菌引起的肝脓肿，可以选择注射用亚胺培南西司他丁钠进行治疗。
除进行抗生素治疗外，还应积极处理原发病灶，有手术指征者，如化脓性阑尾炎应该进行手术治疗。对于无法手术切除的肝脓肿，可以穿刺引流排脓，同时对引流液进行细菌培养以及药物敏感试验。
