注射疫苗以后也有可能再感染某种传染病，注射疫苗是针对某种病原体，甚至某种病原体的某种分型，并不能覆盖所有疾病的病原体，如引起手足口病的病毒有很多，手足口病疫苗只针对EV71型引发的手足口病，并不能预防柯萨奇A组16型引起的手足口病。任何疫苗的保护作用都达不到100%，注射疫苗后可以产生抗体，抗体随着时间滴度逐渐下降，保护力也下降，超过免疫期抗体可以逐渐消失，不能够完全阻止某种传染病的发病。
注射疫苗后是否产生抗体以及抗体滴度与人的免疫力有关。如果是免疫力低下人群，如艾滋病患者、恶性肿瘤患者、长期应用激素的人群，由于免疫力低下，产生的抗体水平较低，这类人群又容易继发各种感染，所以患传染病的发病率较高。
