急性肾盂肾炎的患者，通过治疗以后，大多数可以痊愈。如果急性肾盂肾炎耽误了治疗、伴有复杂性的尿感因素，如糖尿病、泌尿系梗阻的情况下，可能就会出现急性肾盂肾炎的后遗症，主要有以下两点：
1、肾乳头坏死，指肾乳头及其邻近肾髓质缺血性坏死，主要表现为寒战、高热、剧烈的腰痛或腹痛以及血尿等，同时可以伴发革兰氏阴性杆菌败血症、急性肾衰竭。当有坏死组织脱落，从尿中排出阻塞输尿管时，可发生肾绞痛。
2、可能出现肾周脓肿。当严重的肾盂肾炎，直接扩展而形成肾周脓肿的时候，除原有症状加剧以外，常出现明显的单侧腰痛，在向健侧弯腰时疼痛加剧。
