良性肿瘤一般来说治疗效果比较好，多数肿瘤能够切除比较彻底，在手术切除后很多能够达到临床治愈的效果。但在脑部的良性脑肿瘤，因为肿瘤包饶脑部重要的血管或者与脑部重要的结构包裹粘连，导致良性脑肿瘤有很大一部分并不能彻底切除，残留的脑肿瘤还有继续生长的风险。即使良性的脑肿瘤达到了显微镜下完全切除的程度，也有很大一部分还是会在长期的随访中发现肿瘤复发。
　　复发的良性脑肿瘤多数还是和以前的病理类型和级别一样，也就是说多数还是良性。但是，也有一小部分良性肿瘤在复发后出现恶性转换的倾向，从良性的脑肿瘤转变为恶性的脑肿瘤，导致再次治疗的效果明显变差，甚至到无法治愈的境地。
　　但是，还有另外一种情况，就是良性脑肿瘤经过一段时间的治疗后，在原来良性肿瘤的附近又有肿瘤长出来，以为是良性肿瘤的复发，实际是新发生的恶性肿瘤。46岁的何先生20年前因为脑部垂体瘤，经过了手术治疗，但因为肿瘤还有残留，又采取了伽马刀治疗，以后磁共振复查显示肿瘤控制良好。但是近期何先生却出现了头痛等症状，而且越来越严重，脑部复查的磁共振发现原来垂体瘤的位置并没有明显的肿瘤复发，但是紧邻原来肿瘤位置附近出现了一个新的肿瘤，难道是原来的肿瘤在附近又“复发”了吗？何先生再次进行了手术治疗，彻底切除这个肿瘤后，何先生头痛的症状很快改善，但是切除下来的肿瘤诊断为“肾外恶性横纹肌样瘤”，一种在脑部罕见的恶性肿瘤。
　　脑部的良性肿瘤即使手术切除后也需要定期复查，早期发现肿瘤的可能复发并及时处理。良性脑肿瘤手术切除后不但要定期复查早期发现可能的肿瘤复发，还需要警惕再发的第二肿瘤，这种肿瘤类型和性质与原来良性肿瘤不同，更加需要及时的治疗与处理。