新生儿口服益生菌的时间在1-2周为宜，不宜长期服用，以免影响新生儿体内正常菌群功能，并且在使用过程中，需要严格遵医嘱使用，避免私自使用，以免影响新生儿的健康，出现腹泻等症状。
益生菌为人体肠道菌群的一种，是一种对人体有益的菌群，主要作用为维持肠道菌群的平衡。新生儿如果出现腹痛、腹泻、恶心呕吐、便秘等消化道症状，并且存在肠道菌群失调，就可以在医生的帮助下使用肠道益生菌类药物调节肠道菌群，恢复肠道正常菌群功能，促进胃肠道消化吸收，有助于促进宝宝胃肠道功能恢复，同时益生菌还可能会在一定程度上提高宝宝免疫力。
如果在用药之后，新生儿恢复比较快，在用药几天或1周左右就逐渐好转、恢复，此时就可以逐渐停药，但如果新生儿病情比较重，或恢复比较慢，也可能需要2周左右的时间，之后可以遵医嘱停药。
由于益生菌是活菌，需使用低于40℃温水或奶液化开，超过40℃会使活菌灭活失效。还应注意避免与抗生素类药物一起使用，否则会影响其效果。
