儿科许多疾病由病毒引起的，对病毒感染患者，如果处理不当，很容易引起院内感染，尤其是儿科患者，更应该注意。常见的抗病毒药物有用于流行性感冒的奥司他韦、帕拉米韦、扎那米韦，用于病毒性肺炎、脑炎的阿昔洛韦、更昔洛韦，还有用于手足口病的一些中成药等。目前，还没有特效的抗肠道病毒性药物，如果应用干扰素、利巴韦林有一定的效果，但应注意利巴韦林的不良反应和生殖毒性。使用中成药的话，以清热去湿解毒的原则进行治疗，比如蒲地蓝、康复新溶液、六神丸等等。儿童用药，最重要的是关注不良反应，一是为儿童本身的生理特点决定，二是儿童使用的大部分药物没有经过临床研究，所以说明书中很多都缺少儿童用药的依据。另外，抗病毒药物的不良反应主要是以恶心、呕吐、腹胀和腹泻为主的胃肠道反应，发热、皮疹为主的过敏反应。除此之外，有些药物会导致转氨酶升高。
在使用抗病毒药物之前，应该要确定是否由病毒感染引起或者由哪种病毒引起的，如果不确定哪种病毒引起的，可使用广谱的抗病毒药物。明确诊断后，对症根据感染部位确定给药途径，根据严重程度确定药物剂量和疗程。
