甲氨蝶呤是抗代谢类抗肿瘤药物，不良反应主要是胃肠道反应、骨髓抑制、肝肾功能损害等，大剂量应用时会导致高尿酸血症肾病，会出现血尿、蛋白尿或尿毒症，长期用药可引起咳嗽、气短、肺炎或肺纤维化，要注意孕妇肝、肾功能不全患者禁用。在使用时应注意以下几点：
1、白细胞计数减少的患者慎用；
2、与磺胺类药物、水杨酸盐、保泰松等同时使用时会增加甲氨蝶呤的血药浓度；
3、甲氨蝶呤可以增加抗血凝作用，因此与其它抗凝药同用的时候要慎重；
4、用药期间需经常检查血象，长期用此药有潜在的导致继发性肿瘤的危险。