胃肠功能紊乱能否自愈与病情的轻重有关。轻度胃肠功能紊乱通常可以自愈，但如过病情较重，一般难以自愈。
胃肠功能紊乱多因情绪紧张、焦虑等精神因素所致，如生活与工作上的困难、烦恼、意外不幸等。对于轻度胃肠功能紊乱患者，可以通过调整饮食结构和习惯进行改善，如注意饮食规律和卫生，进餐定时定量或少量多餐，以清淡、易消化饮食为主，避免进食生冷、油腻等不容易消化的食物。但多数的胃肠功能紊乱病情较重，一般情况下难以自愈，可至精神科就诊，通过心理疏导或者抗精神类的药物进行调节。此外，如果是消化道疾病导致胃肠功能紊乱，如胃炎、胃溃疡等，需至消化内科进行药物治疗。
胃肠功能紊乱的患者应注意保证充足的休息，保持规律的生活，调节自身状态，并适当参加体育锻炼，促进疾病的恢复。
