无痛肠镜检查是一种舒适性、安全性非常高的检查，主要是给予静脉推注丙泊酚，使患者完全处在深睡眠的状态，没有任何感觉。因此，此时进行胃肠镜检查，不会给患者带来明显的痛苦。
无痛肠镜技术并不是真正的无痛，只是在检查中应用一定剂量的镇静剂，使患者不知晓检查过程的痛苦和不适。而且行无痛肠镜检查前的准备工作与常规肠镜一样，如检查前一天应避免进食乳制品和难以消化的食物，并且在规定时间内禁食，还需要在限定的时间内，通过服用规定剂量的泻药进行肠道的清洁等，这些检查前准备可能会给患者带来稍许不适。
此外，临床中并不是所有患者都可以进行无痛肠镜检查，需要依据患者的个人意愿以及进行身体状况的风险评估。临床中对于年龄超过75岁的老年患者、患有心脑血管疾病或处于急性呼吸道感染期的患者，以及对麻醉药有过敏史、营养状态很差的患者，医生一般不建议其进行静脉麻醉，因此也不宜进行无痛肠镜检查。
