真菌感染毛囊炎在医学上叫做马拉色菌毛囊炎，最主要的治疗方案是外用抗真菌药，或者是口服抗真菌药，由于每个人对药物的反应性不同，也不存在哪一种药物是最好的。
通常最常用的外用抗真菌药主要有酮康唑、克霉唑、联苯苄唑、特比萘芬、阿莫罗芬、二硫化硒等。如果皮损比较广泛，也可以选择系统的抗真菌药，比如口服氟康唑、酮康唑、伊曲康唑。
除了常规的用药，在日常生活中也要注意，比如处在长期的潮湿、湿热的环境中，皮肤容易出汗，油脂分泌过多，是一个发病的诱因，所以要尽量避免。部分患者长期使用糖皮质激素，或者是广谱抗生素或者是免疫制剂等，也会诱发马拉色菌毛囊炎的感染，也要尽量避免长期的使用糖皮质激素，广谱抗生素或者是免疫制剂等。
平时要保持皮肤干燥，注意穿宽松、透气的衣服，饮食要清淡，少吃辛辣和油炸的食物，避免喝酒。
