磁共振检查不需要用到X射线，没有辐射，所以对人体没有任何危害。磁共振也不会影响遗传，到目前为止还没有发现患者在使用核磁共振后出现遗传物质变异。
但是磁共振由于声音比较响，同时在密闭空间时间较长，所以部分患者不适于磁共振检查，如有心脏起搏器、血管搭桥患者。早期心脏起搏器禁止磁共振检查，因为它会导致心脏起搏器停止工作。目前最新的心脏磁共振属于磁共振兼容型起搏器，只要在心内科医生检查之前调节好，可以选择；高烧患者不能做磁共振检查，因为在磁场里面可能会导致患者病情进一步加剧；孕妇尽量不做磁共振，尤其3个月内的孕妇禁止磁共振；装有胰岛素泵的患者不能做磁共振；严重抑郁症、幽闭恐惧症不适宜做磁共振；多动幼儿，除非在麻醉或镇静剂下可以进行，否则也不适宜做磁共振。
