房间隔缺损手术包括介入封堵术和右腋下小切口手术，个别情况下可经正中做手术。介入封堵术一般在局麻下进行，优点包括手术时间较短，术后恢复较快，且无手术切口，术后不见疤痕。缺点为拍胸片时心脏位置可出现异常阴影，过安检需到医院开具证明，因此部分患者会放弃介入封堵术。
右腋下小切口手术时间较长，采用全身麻醉，同时在手术过程中还需用到体外循环，即手术需使用人工心脏代替患者心脏，才能进行手术。缺点为手术花费时间较长，尤其为体外循环的时间。此外，由于手术使用全麻和体外循环，所以右腋下小切口恢复会比正常情况更慢，同时患者手术切口可在体表留下疤痕。
