很多单纯肾囊肿早期没有症状，都是通过体检发现。超过90%患者的肾囊肿都在2cm以下，很小，不会对肾脏周围组织和血管产生压迫，都不需要处理，只要定期复查，每6个月或者1年复查1次，监测肾囊肿是否长大就可以。部分肾囊肿会长大，如果肾囊肿超过5cm，需要进行栓塞介入并且囊内注射硬化剂进行治疗。
一旦囊肿检测超过10cm，并且有压迫症状，比如引起输尿管梗阻或者压迫周围神经引起疼痛，需要手术治疗。肾囊肿属于后天性肾小管憩室导致的结构异常，不是恶性疾病，所以预后效果非常好，封闭掉之后不会再长，除了这个囊泡长了之后还会再长，跟多囊肾不一样。多囊肾是先天性遗传性疾病，而肾囊肿不是遗传性疾病，而是后天结构异常导致的囊肿性疾病，不是恶性肿瘤。所以只要把肾囊肿封闭掉，把液体抽出来，预后是很好的，没有其它并发症出现。
