治疗口角疱疹的药物主要是抗病毒的药膏，常用的有阿昔洛韦软膏、喷昔洛韦软膏以及干扰素凝胶或软膏。口角疱疹主要是单纯疱疹引起的皮肤黏膜的坏死和水肿，疱疹病毒破坏了皮肤细胞，引起细胞坏死，出现水疱。针对口角疱疹的药物即抗疱疹病毒的药物，如阿昔洛韦、喷昔洛韦和干扰素。
阿昔洛韦、喷昔洛韦的机理是抑制疱疹病毒的复制，疱疹病毒在合成过程中需要核苷，阿昔洛韦和喷昔洛韦可以抑制核苷的合成，病毒复制被抑制，病毒不能成活，对皮肤的损伤就会减轻。干扰素可以抑制疱疹病毒的生长，通过抑制疱疹病毒的生长，使疱疹对皮肤的损伤逐渐减轻，有助于皮肤愈合。
疱疹病毒被抑制以后，人体的代谢过程和机体修复能力使疱疹水疱部位的黏膜皮肤逐渐愈合，恢复正常的皮肤结构，愈合以后一般不留痕迹，创面破溃后也可以配合用抗细菌的药物。
