巧囊又称卵巢的巧克力囊肿，多囊是指多囊卵巢综合征，患有此两种疾病的女性怀孕相对都比较难，都容易表现为不孕，较难将两个疾病做比较，只要合理的解决，比如巧克力囊肿进行抽吸、剥除，或者是内异灶的切除，输卵管通畅后患者可以怀孕。多囊卵巢综合征是由于不排卵造成的不孕，解决其排卵的问题，使用诱导排卵的药物和促排卵的药物，纠正代谢的问题，也可以达到怀孕的目的。因此，两种疾病都有适合的治疗方法，使女性可以怀孕，不存在其中一种疾病更难、更不好怀孕的比较。

巧克力囊肿由于是子宫内膜的异位病灶生长到卵巢上，卵巢当中会有部分囊肿，囊肿内的液体如巧克力一样。巧克力囊肿由于长在卵巢的位置，会影响卵巢的排卵，而且由于巧克力囊肿的存在会影响卵子的生长环境，使卵子质量下降，而且患有巧克力囊肿的女性，通常子宫内膜的异位病灶存在于盆腔的多个位置，甚至有些会由于子宫内膜异位症的存在，而导致输卵管堵塞。因此，会导致怀孕比较难，或者是彻底的不怀孕。而多囊卵巢综合征是由于排卵障碍，同时并发其他的代谢问题所导致的怀孕比较困难，或者是不怀孕。